Un modèle moléculaire simplifié pour étudier la complémentarité lactase-lactose

Par Philippe Cosentino

La lactase (bêta galactosidase) est un tétramère, ce qui rend complexe son étude en classe.

Modèle original : 1JYN (PDB)

Nous proposons un modèle simplifié, limité à un seul monomère, et débarrassé de toutes les molécules de solvant, les ions, l’eau (plusieurs centaines) présentes initialement dans  le fichier (H2O, DMS, Na+, Mg++, etc.).

Certaines molécules d’eau et des ions Mg++ interviennent dans la catalyse, mais nous avons choisi délibérément de ne laisser que le lactose et l’enzyme.

Le modèle initial comportait une mutation empêchant la catalyse (sans quoi il aurait été impossible de cristalliser le complexe), il a fallu modifier le fichier pour remplacer un Gln par Glu et ainsi “annuler” la mutation (merci Paul Pillot).

Capture d'écran de Libmol utilisant ce modèle

Capture d’écran de Libmol utilisant ce modèle

Il peut être ouvert avec Rastop, Libmol ou tout autre logiciel de visualisation moléculaire.

Télécharger le modèle (à dézipper) :

lactase-lactose-leger.zip