{"id":2053,"date":"2020-04-01T14:21:38","date_gmt":"2020-04-01T12:21:38","guid":{"rendered":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=2053"},"modified":"2021-01-17T13:35:09","modified_gmt":"2021-01-17T12:35:09","slug":"diastase-2-une-application-en-ligne-pour-etudier-la-catalyse-enzymatique","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=2053","title":{"rendered":"Diastase 2, une application en ligne pour \u00e9tudier la catalyse enzymatique, en pr\u00e9sentiel ou en distanciel"},"content":{"rendered":"<p style=\"text-align: right;\"><em>par Philippe Cosentino<\/em><\/p>\n<p>Dans cet article nous vous pr\u00e9senterons les fonctionnalit\u00e9s du logiciel en ligne \u00ab\u00a0Diastase 2\u00a0\u00bb, qui permet, \u00e0 l&rsquo;instar de son pr\u00e9d\u00e9cesseur \u00ab\u00a0Lactase\u00a0\u00bb, de mod\u00e9liser la catalyse enzymatique.<!--more--><\/p>\n<h2>Contexte<\/h2>\n<p>Avec la d\u00e9sactivation progressive de \u00ab\u00a0Flash\u00a0\u00bb (technologie tr\u00e8s utilis\u00e9e dans les ann\u00e9es 2000 pour r\u00e9aliser des applications web interactives), beaucoup de petits logiciels p\u00e9dagogiques cessent de fonctionner sur nos machines modernes.<\/p>\n<p>C&rsquo;est le cas du logiciel \u00ab\u00a0Lactase\u00a0\u00bb, qui permettait de mod\u00e9liser la catalyse enzymatique., et qui \u00e9tait tr\u00e8s utilis\u00e9 dans le cadre de l&rsquo;enseignement de sp\u00e9cialit\u00e9 de premi\u00e8re.<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0Diastase\u00a0\u00bb, application web \u00e9crite en HTML5\/Javascript s&rsquo;inscrit dans la continuit\u00e9 de \u00ab\u00a0Lactase\u00a0\u00bb.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h2>Pr\u00e9sentation du logiciel<\/h2>\n<p>Diastase repose sur une mod\u00e9lisation multi-agents (les agents \u00e9tant ici les mol\u00e9cules), simulant le d\u00e9roulement d&rsquo;une r\u00e9action enzymatique.<\/p>\n<p>On visualise \u00e0 l&rsquo;\u00e9cran le d\u00e9placement des mol\u00e9cules, leur rencontre, la formation des complexes et leurs dissociations.<\/p>\n<div id=\"attachment_2058\" style=\"width: 400px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=2058\" rel=\"attachment wp-att-2058\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-2058\" class=\"size-full wp-image-2058\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-2.jpg\" alt=\"\" width=\"400\" height=\"320\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-2.jpg 400w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-2-300x240.jpg 300w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-2-375x300.jpg 375w\" sizes=\"auto, (max-width: 400px) 100vw, 400px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-2058\" class=\"wp-caption-text\">Repr\u00e9sentation des mol\u00e9cules dans Diastase (en vert la maltase, en orange clair le maltose, en orange fonc\u00e9 le glucose).<\/p><\/div>\n<p>On peut \u00e9galement suivre, \u00e0 l&rsquo;aide d&rsquo;un graphique, l&rsquo;\u00e9volution des effectifs des diff\u00e9rentes mol\u00e9cules.<\/p>\n<div id=\"attachment_2057\" style=\"width: 468px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=2057\" rel=\"attachment wp-att-2057\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-2057\" class=\"wp-image-2057 size-full\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-1.jpg\" alt=\"\" width=\"468\" height=\"352\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-1.jpg 468w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-1-300x226.jpg 300w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-1-399x300.jpg 399w\" sizes=\"auto, (max-width: 468px) 100vw, 468px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-2057\" class=\"wp-caption-text\">Graphique montrant l&rsquo;\u00e9volution du nombre de mol\u00e9cules. Il est possible de tracer une tangente avec la souris afin de d\u00e9terminer sa pente (vitesse initiale).<\/p><\/div>\n<p>L&rsquo;utilisateur peut faire varier :<\/p>\n<ul>\n<li>le pH (lorsque ce dernier s&rsquo;\u00e9carte du point iso\u00e9lectrique des enzymes, elles se polarisent ce qui diminue la probabilit\u00e9 de formation du complexe)<\/li>\n<li>la temp\u00e9rature (la vitesse d&rsquo;agitation des mol\u00e9cules en d\u00e9pend, ainsi que la probabilit\u00e9 de d\u00e9naturation des enzymes)<\/li>\n<li>les effectifs des diff\u00e9rentes esp\u00e8ces mol\u00e9culaires<\/li>\n<\/ul>\n<div id=\"attachment_2059\" style=\"width: 477px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=2059\" rel=\"attachment wp-att-2059\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-2059\" class=\"size-full wp-image-2059\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-3.jpg\" alt=\"\" width=\"477\" height=\"307\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-3.jpg 477w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-3-300x193.jpg 300w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-3-466x300.jpg 466w\" sizes=\"auto, (max-width: 477px) 100vw, 477px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-2059\" class=\"wp-caption-text\">Extrait de l&rsquo;interface de Diastase. Temp\u00e9rature et pH peuvent \u00eatre ajust\u00e9s \u00e0 l&rsquo;aide d&rsquo;un curseur. Les boutons + et &#8211; permettent de rajouter ou de soustraire des mol\u00e9cules. Il est \u00e9galement possible de saisir directement un nombre en cliquant sur la valeur de l&rsquo;effectif.<\/p><\/div>\n<p>Lorsque le pH est tr\u00e8s bas, une hydrolyse non enzymatique des diholosides (lactose, maltose) a lieu, mais elle est bien plus lente (surtout \u00e0 basse temp\u00e9rature) qu&rsquo;en pr\u00e9sence d&rsquo;enzymes.<\/p>\n<div id=\"attachment_2063\" style=\"width: 251px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=2063\" rel=\"attachment wp-att-2063\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-2063\" class=\"size-full wp-image-2063\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/CaptureX.jpg\" alt=\"\" width=\"251\" height=\"246\"><\/a><p id=\"caption-attachment-2063\" class=\"wp-caption-text\">Un pH tr\u00e8s bas (ou tr\u00e8s haut) ne fera pas qu&rsquo;entra\u00eener la polarisation des enzymes. Il pourra \u00e9galement entra\u00eener leur d\u00e9naturation (en gris).<\/p><\/div>\n<p>Il est \u00e9galement possible de partager une configuration (effectifs, pH, temp\u00e9rature) via un lien (URL), en cliquant sur le bouton \u00ab\u00a0Partager via un lien\u00a0\u00bb situ\u00e9 en bas \u00e0 gauche de l&rsquo;\u00e9cran (\u00e0 droite du bouton pause). En donnant ce lien \u00e0 un \u00e9l\u00e8ve, ce dernier pourra travailler sur un environnement donn\u00e9 (voir exemples \u00e0 la fin de l&rsquo;article).<\/p>\n<div id=\"attachment_2061\" style=\"width: 826px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=2061\" rel=\"attachment wp-att-2061\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-2061\" class=\"size-full wp-image-2061\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-5.jpg\" alt=\"\" width=\"826\" height=\"422\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-5.jpg 826w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-5-300x153.jpg 300w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-5-768x392.jpg 768w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-5-500x255.jpg 500w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-5-600x307.jpg 600w\" sizes=\"auto, (max-width: 826px) 100vw, 826px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-2061\" class=\"wp-caption-text\">Lorsqu&rsquo;on clique sur \u00ab\u00a0Partager via un lien\u00a0\u00bb, cette fen\u00eatre de dialogue appara\u00eet et propose deux liens de partage diff\u00e9rents (le premier lance directement l&rsquo;animation).<\/p><\/div>\n<h2>Utilisation dans le cadre de la continuit\u00e9 p\u00e9dagogique<\/h2>\n<p>Gr\u00e2ce \u00e0 sa fonctionnalit\u00e9 de \u00ab\u00a0partage via un lien\u00a0\u00bb, ce logiciel se pr\u00eate tout particuli\u00e8rement au \u00ab\u00a0t\u00e9l\u00e9travail\u00a0\u00bb.<\/p>\n<p>L&rsquo;enseignant peut tr\u00e8s facilement \u00ab\u00a0montrer\u00a0\u00bb \u00e0 ses \u00e9l\u00e8ves une situation particuli\u00e8re, en leur communiquant un lien de partage comme <a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/productions\/diastase2\/?lactase=10&amp;lactose=40&amp;thiolactose=40&amp;ph=7&amp;temp=37&amp;play=1\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">celui-ci (hydrolyse enzymatique du lactose en pr\u00e9sence d&rsquo;un inhibiteur)<\/a>.<\/p>\n<p>A l&rsquo;inverse, il peut recueillir des r\u00e9ponses ou des propositions \u00e9manant des \u00e9l\u00e8ves via ce lien de partage. Par exemple, il a \u00e9t\u00e9 demand\u00e9 \u00e0 des \u00e9l\u00e8ves de premi\u00e8re (sp\u00e9cialit\u00e9 SVT), de rechercher l&rsquo;enzyme, le substrat et les conditions optimales permettant la synth\u00e8se de lactose. Les \u00e9l\u00e8ves ont ensuite fait parvenir \u00e0 leur enseignant leur proposition de r\u00e9ponse sous la forme d&rsquo;un lien de partage, comme dans<a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/productions\/diastase2\/?lactosynthase=10&amp;glucose=40&amp;udpgalactose=40&amp;ph=7&amp;temp=20\"> l&rsquo;exemple suivant<\/a> (l&rsquo;exemple donn\u00e9 par l&rsquo;\u00e9l\u00e8ve ici est critiquable, ce dernier ayant laiss\u00e9 la temp\u00e9rature et le pH par d\u00e9faut de 20\u00b0C et de 7, les conditions ne sont donc pas optimales).<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h2>Liens<\/h2>\n<p style=\"padding-left: 40px;\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/productions\/diastase2\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Lien vers l&rsquo;application Diastase en ligne<\/a><\/p>\n<p style=\"padding-left: 40px;\"><a href=\"http:\/\/cosphilog.fr\/diastase2\/diastase2-local.zip\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Lien vers l&rsquo;application hors ligne (dossier web \u00e0 t\u00e9l\u00e9charger)<\/a><\/p>\n<p style=\"padding-left: 40px;\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/productions\/diastase2\/?maltase=10&amp;maltose=40&amp;ph=7&amp;temp=20&amp;play=1\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Exemple de lien de partage (hydrolyse du maltose)<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>par Philippe Cosentino Dans cet article nous vous pr\u00e9senterons les fonctionnalit\u00e9s du logiciel en ligne \u00ab\u00a0Diastase 2\u00a0\u00bb, qui permet, \u00e0 l&rsquo;instar de son pr\u00e9d\u00e9cesseur \u00ab\u00a0Lactase\u00a0\u00bb, de mod\u00e9liser la catalyse enzymatique.<\/p><p><a class=\"more-link btn\" href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=2053\">Lire la suite<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":74,"featured_media":2065,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0,"footnotes":""},"categories":[277,18,127,8,74,357],"tags":[255,258,267,88,268,169],"class_list":["post-2053","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-continuite-pedagogique","category-devant-ecran","category-en-lycee","category-logiciels","category-modeles-numeriques","category-premiere","tag-covid","tag-covid-19","tag-diastase","tag-enzymes","tag-enzymologie","tag-lactase","nodate","item-wrap"],"rttpg_featured_image_url":{"full":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4.jpg",1471,132,false],"landscape":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4.jpg",1471,132,false],"portraits":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4.jpg",1471,132,false],"thumbnail":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4-150x132.jpg",150,132,true],"medium":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4-300x27.jpg",300,27,true],"large":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4-1024x92.jpg",436,39,true],"1536x1536":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4.jpg",1471,132,false],"2048x2048":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4.jpg",1471,132,false],"graphene_slider":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4.jpg",182,16,false],"graphene_featured_image":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4.jpg",436,39,false],"post-thumbnail":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4-1000x132.jpg",1000,132,true],"advps-thumb-one":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2020\/03\/Capture-4.jpg",600,54,false]},"rttpg_author":{"display_name":"Philippe 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