{"id":2862,"date":"2020-11-18T20:16:30","date_gmt":"2020-11-18T19:16:30","guid":{"rendered":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=2862"},"modified":"2022-01-23T12:07:53","modified_gmt":"2022-01-23T11:07:53","slug":"geniegen2-un-logiciel-pour-etudier-des-sequences-en-ligne","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=2862","title":{"rendered":"Geniegen2, un logiciel pour \u00e9tudier des s\u00e9quences en ligne"},"content":{"rendered":"

par Philippe Cosentino<\/em><\/p>\n

Que ce soit pour des raisons de mesures sanitaires (\u00e9l\u00e8ves confin\u00e9s \u00e0 leur domicile), ou pour des raisons de contraintes techniques (incompatibilit\u00e9 logicielle, difficult\u00e9s \u00e0 installer certains logiciels), les logiciels hybrides (c’est \u00e0 dire fonctionnant en ligne et hors ligne) ont la c\u00f4te.<\/p>\n

Dans un contexte d’enseignement distanciel, il est en effet peu r\u00e9aliste d’imaginer que 35 \u00e9l\u00e8ves, \u00e9quip\u00e9s diversement en mat\u00e9riel informatique, pourront tous installer sur leur ordinateur personnel  tel ou tel logiciel pr\u00e9vu pour tourner sur des machines sous Windows (certains \u00e9tant d’ailleurs sur Mac).<\/p>\n

Les applications \u00ab\u00a0en ligne\u00a0\u00bb, quant \u00e0 elles, ont l’avantage de tourner sur n’importe quelle machine, et m\u00eame sur une tablette ou un simple t\u00e9l\u00e9phone.<\/p>\n

C’est le cas du nouveau logiciel \u00ab\u00a0Geniegen2\u00a0\u00bb, qui, comme son nom l’indique, reprend le flambeau du logiciel gratuit Geniegen d\u00e9velopp\u00e9 en son temps par Jean Fran\u00e7ois Madre.<\/p>\n

Ce logiciel permet, comme ses pr\u00e9d\u00e9cesseur, de charger des s\u00e9quences (par exemple au format .edi, le format d’Anag\u00e8ne), de les visualiser, de les aligner (afin de les comparer malgr\u00e9 les discontinuit\u00e9s) et de les traiter.<\/p>\n

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Interface de Geniegen2<\/p><\/div>\n

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La visualisation des s\u00e9quences est facilit\u00e9e par un code de couleurs qui met en \u00e9vidence les similarit\u00e9s et les diff\u00e9rences. Ces derni\u00e8res sont d’ailleurs directement identifiables (par des barres verticales rouges) dans l’ascenseur horizontal permettant de se d\u00e9placer dans la s\u00e9quence.<\/p>\n

Les s\u00e9quences polypeptidiques peuvent \u00eatre affich\u00e9es avec un code \u00e0 1 lettre par acide amin\u00e9, ou \u00e0 3 lettres (menu option). La num\u00e9rotation peut aussi se faire par nucl\u00e9otide pour par codon\/r\u00e9sidu. On obtient par ailleurs la position exacte du curseur de la souris simplement en survolant la s\u00e9quence.<\/p>\n

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La position du pointeur appara\u00eet dans un petit cadre jaune, au survol.<\/p><\/div>\n

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Des menus contextuels (clic-droit sur les titres des s\u00e9quences) permettent des actions rapides, tandis qu’un syst\u00e8me de coches permet des actions \u00ab\u00a0group\u00e9es\u00a0\u00bb sur plusieurs s\u00e9quences.<\/p>\n

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Des menus contextuels pour des actions rapides sur une s\u00e9quence particuli\u00e8re.<\/p><\/div>\n

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L’alignement (menu \u00ab\u00a0Actions\/Aligner\u00a0\u00bb) utilise un algorithme d\u00e9velopp\u00e9 par Paul Pillot. Il permet de comparer des s\u00e9quences pr\u00e9sentant des discontinuit\u00e9s (d\u00e9l\u00e9tions, insertions).<\/p>\n

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Mise en \u00e9vidence d’une discontinuit\u00e9 apr\u00e8s alignement.<\/p><\/div>\n

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Il est \u00e9galement possible de construire un ph\u00e9nogramme (arbre) mat\u00e9rialisant les degr\u00e9s de similitudes (et par hypoth\u00e8se \u00e9galement de parent\u00e9) entre des s\u00e9quences homologues. A noter : Geniegen2 accepte les fichiers au format .aln (Phylog\u00e8ne), et peut donc s’y substituer dans le cadre des ECE, si l’activit\u00e9 se limite \u00e0 construire un tel arbre.<\/p>\n

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Exemple de ph\u00e9nogramme obtenu<\/p><\/div>\n

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Geniegen2 dispose d’une banque interne de s\u00e9quences, qui pour l’instant est rudimentaire, mais qui s’\u00e9toffera rapidement au fur et \u00e0 mesure des demandes remontant des coll\u00e8gues (comme pour Mesurim2).<\/p>\n

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Utilisation de la banque<\/p><\/div>\n

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Les enzymes de restriction peuvent \u00e9galement \u00eatre utilis\u00e9es, l’enseignant peut choisir, dans une banque, une s\u00e9lection d’enzymes, dont il pourra tester l’action sur les s\u00e9quences s\u00e9lectionn\u00e9es.<\/p>\n

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Action de l’enzyme TspE1 sur des s\u00e9quences d’ADN mitochondrial<\/p><\/div>\n

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Enfin, le logiciel laisse la possibilit\u00e9 \u00e0 l’enseignant de cr\u00e9er un \u00ab\u00a0lien direct\u00a0\u00bb vers des s\u00e9quences, \u00e0 condition que celles-ci aient \u00e9t\u00e9 prises dans la banque interne. L’avantage \u00e9tant alors que l’\u00e9l\u00e8ve n’a pas de s\u00e9quences \u00e0 r\u00e9cup\u00e9rer ou \u00e0 aller chercher, Geniegen2 s’ouvrant directement sur les s\u00e9quences choisies par l’enseignant. Cette fonctionnalit\u00e9 devrait repr\u00e9senter une aide majeure pour les enseignants travaillant en distanciel ou selon un mode hybride.<\/p>\n

Geniegen2 fonctionne sur Windows, Mac et Linux, mais \u00e9galement sur les tablettes Android (comme celles fournies par la r\u00e9gion aux lyc\u00e9ens) et Apple (iPad), \u00e0 condition d’avoir une connexion internet (pour l’instant), sur lesquelles les fonctionnalit\u00e9s tactiles (par exemple glisser la s\u00e9quences de gauche \u00e0 droite sans passer par l’ascenseur) sont prises en charge.<\/p>\n

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Lien<\/h2>\n

Application Geniegen2 en ligne<\/a><\/p>\n

Version ex\u00e9cutable de Geniegen2 (Windows)<\/a><\/p>\n

Fiche technique \u00ab\u00a0type ECE\u00a0\u00bb<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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