{"id":5462,"date":"2026-03-22T17:33:50","date_gmt":"2026-03-22T16:33:50","guid":{"rendered":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=5462"},"modified":"2026-04-29T09:19:00","modified_gmt":"2026-04-29T07:19:00","slug":"brider-geniegen2-pour-plus-defficacite-pedagogique","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=5462","title":{"rendered":"Brider Geniegen2 pour plus d’efficacit\u00e9 p\u00e9dagogique"},"content":{"rendered":"

par Philippe Cosentino<\/em><\/p>\n

Pour ceux qui ne le connaissent pas encore, Geniegen2 est un logiciel gratuit qui permet de traiter des s\u00e9quences nucl\u00e9otidiques et polypeptidiques, et qui est destin\u00e9 \u00e0 l’enseignement, notamment en lyc\u00e9e.<\/p>\n

Cette application propose de nombreuses fonctionnalit\u00e9s, et au dire de certains enseignants, cette profusion repr\u00e9sente parfois un obstacle \u00e0 leurs objectifs p\u00e9dagogiques, en m\u00e2chant un peu trop le travail de leurs \u00e9l\u00e8ves.<\/p>\n

Comment faire, par exemple, pour \u00e9valuer les \u00e9l\u00e8ves sur leur capacit\u00e9 (en pr\u00e9pa BCPST par exemple) \u00e0 construire un ph\u00e9nogramme (arbre) de type UPGMA, vu que le logiciel leur propose de le construire automatiquement ?<\/p>\n

Difficile donc, a priori, de contenter ceux qui souhaitent voir ces fonctionnalit\u00e9s dispara\u00eetre du logiciel, tout en ne l\u00e9sant pas ceux qui les appr\u00e9cient et les utilisent.<\/p>\n

La solution existe pourtant, et c’est ce que nous allons d\u00e9crire dans cet article.<\/p>\n

 <\/p>\n

Principe g\u00e9n\u00e9ral<\/h2>\n

L’objectif est de limiter l’acc\u00e8s \u00e0 certaines fonctionnalit\u00e9s de Geniegen2, ou, en d’autres termes, de \u00ab\u00a0brider\u00a0\u00bb le logiciel.<\/p>\n

Pour proposer aux \u00e9l\u00e8ves une version brid\u00e9e de Geniegen2, l’enseignant devra simplement renommer le fichier de s\u00e9quence, au format \u00ab\u00a0Anag\u00e8ne\u00a0\u00bb (.edi), qu’il leur fournit.<\/p>\n

 <\/p>\n

Forcer la comparaison simple (sans alignement) par d\u00e9faut<\/h2>\n

Par d\u00e9faut, Geniegen2 incite l’\u00e9l\u00e8ve \u00e0 aligner les s\u00e9quences avant de les comparer. Un message allant dans ce sens appara\u00eet dans la moiti\u00e9 inf\u00e9rieure de l’\u00e9cran, et le menu \u00ab\u00a0Action\u00a0\u00bb met bien en avant la fonction \u00ab\u00a0Aligner les s\u00e9quences\u00a0\u00bb.<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Cependant, l’enseignant peut souhaiter que cette action ne soit pas la premi\u00e8re que tente l’\u00e9l\u00e8ve, notamment s’il compte, par exemple, \u00e9tudier les cons\u00e9quences des d\u00e9l\u00e9tions, et leur montrer l’importance de l’alignement.<\/p>\n

Il peut alors choisir de faire en sorte que la comparaison par d\u00e9faut soit \u00ab\u00a0sans alignement\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Pour cela il lui suffira de renommer <\/strong>le fichier  (si on prend l’exemple des s\u00e9quences de la thalass\u00e9mie) \u00ab\u00a0thalassemie.edi\u00a0\u00bb, en \u00ab\u00a0thalassemie.na<\/strong>.edi\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Au chargement du fichier de s\u00e9quence, Geniegen2 d\u00e9tecte que l’extension du fichier comporte \u00ab\u00a0.na\u00a0\u00bb, et le mode de comparaison par d\u00e9faut devient alors \u00ab\u00a0Comparer sans aligner\u00a0\u00bb.<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Si l’\u00e9l\u00e8ve souhaite aligner les s\u00e9quences, il devra alors le pr\u00e9ciser dans le menu \u00ab\u00a0Options \/ Algorithme d’alignement\u00a0\u00bb.<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Toute cette manipulation est fastidieuse, mais normalement, il n’aura plus jamais \u00e0 la refaire jusqu’\u00e0 la fin de sa scolarit\u00e9, \u00e9tant donn\u00e9 qu’il n’y a aucune bonne raison (autre que celle d\u00e9crite plus haut) de comparer sans aligner.<\/p>\n

 <\/p>\n

Contraindre l’\u00e9l\u00e8ve \u00e0 utiliser les fonctionnalit\u00e9s du logiciel pour comparer<\/h2>\n

Par d\u00e9faut, Geniegen2 affiche plusieurs indicateurs visuels qui mettent en \u00e9vidence les similitudes et les diff\u00e9rences entre les s\u00e9quences, et ce, d\u00e8s l’affichage initial des s\u00e9quences (dans la moiti\u00e9 sup\u00e9rieure de l’\u00e9cran).<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

\u00c0 cause de ces indices, qui ont bien entendu leur int\u00e9r\u00eat, certains \u00e9l\u00e8ves ne voient pas l’int\u00e9r\u00eat d’aligner les s\u00e9quences (ou m\u00eame de passer par les commandes du logiciel).<\/p>\n

Il est d\u00e9sormais possible de d\u00e9sactiver tous ces indices color\u00e9s, uniquement dans la moiti\u00e9 sup\u00e9rieure de l’\u00e9cran.<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Comme on peut le constater sur la capture d’\u00e9cran ci-dessus, la barre de d\u00e9filement, d\u00e9sormais grise, ne comporte aucun marqueur indiquant une diff\u00e9rence. De plus, les indicateurs de similarit\u00e9 (les ast\u00e9risques et les points) ont disparu.<\/p>\n

Apr\u00e8s alignement (ou apr\u00e8s comparaison simple, le cas \u00e9ch\u00e9ant), les s\u00e9quences trait\u00e9es apparaissent en bas de l’\u00e9cran, avec les marqueurs color\u00e9s.<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Pour arriver \u00e0 ce r\u00e9sultat, il suffit de renommer le fichier en ajoutant .nc.<\/strong> dans son extension.<\/p>\n

Par exemple : \u00ab\u00a0sequences-albinisme.nc.edi\u00a0\u00bb<\/em><\/p>\n

 <\/p>\n

D\u00e9sactiver l’affichage des ph\u00e9nogrammes (arbres de similarit\u00e9)<\/h2>\n

Geniegen2 propose de construire automatiquement les ph\u00e9nogrammes (WPGMA ou UPGMA) \u00e0 l’issue d’un alignement de s\u00e9quences.<\/p>\n

\"\"<\/p>\n

Cependant, notamment en classe pr\u00e9paratoire aux grandes \u00e9coles, ou \u00e0 l’universit\u00e9, l’enseignant souhaiterait pouvoir former ou \u00e9valuer ses \u00e9l\u00e8ves sur leur capacit\u00e9 \u00e0 construire, par eux-m\u00eames, ces arbres.<\/p>\n

Le probl\u00e8me se pose \u00e9galement dans le cadre du concours en BCPST, o\u00f9 cette fonctionnalit\u00e9 peut poser un souci \u00e9vident.<\/p>\n

La solution est encore une fois de renommer le fichier en incluant .nt.<\/strong> dans l’extension.<\/p>\n

Par exemple : \u00ab\u00a0prolactines.nt.edi\u00a0\u00bb<\/em><\/p>\n

\u00c0 l’ouverture du fichier de s\u00e9quences ainsi renomm\u00e9, la fonctionnalit\u00e9 qui permettait d’afficher les arbres aura tout simplement disparu du menu. Il n’y a aucun risque que l’\u00e9l\u00e8ve la r\u00e9active, le seul moyen \u00e9tant de fermer et de relancer compl\u00e8tement le logiciel.<\/p>\n

 <\/p>\n

Combiner les restrictions<\/h2>\n

Il est possible de combiner les diff\u00e9rentes restrictions pr\u00e9sent\u00e9es pr\u00e9c\u00e9demment en concat\u00e9nant les extensions.<\/p>\n

Ainsi, si l’enseignant souhaite \u00e0 la fois d\u00e9sactiver les indices color\u00e9s et l’affichage des arbres, il lui suffit de renommer ses s\u00e9quences en mettant \u00ab\u00a0.nc.nt.\u00a0\u00bb dans l’extension.<\/p>\n

Par exemple : \u00ab\u00a0mucoviscidose.nc.nt.edi\u00a0\u00bb<\/em><\/p>\n

Remarque : l’ordre importe peu, on peut mettre .nc.nt.edi ou .nt.nc.edi (tant que \u00e7a se termine par .edi).<\/em><\/p>\n

Toutes les possibilit\u00e9s sont r\u00e9sum\u00e9es dans le tableau ci-dessous :<\/p>\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n\n
Nom de fichier<\/strong><\/td>\nRestrictions<\/strong><\/td>\n<\/tr>\n
fichier.edi<\/td>\nAucunes<\/td>\n<\/tr>\n
fichier.nc.edi<\/td>\nPas d’indices de similarit\u00e9<\/td>\n<\/tr>\n
fichier.na.edi<\/td>\nComparaison simple par d\u00e9faut<\/td>\n<\/tr>\n
fichier.nt.edi<\/td>\nPas de ph\u00e9nogramme<\/td>\n<\/tr>\n
fichier.nc.na.edi<\/td>\nPas d’indices de similarit\u00e9 et comparaison simple par d\u00e9faut<\/td>\n<\/tr>\n
fichier.nc.nt.edi<\/td>\nPas d’indices de similarit\u00e9 et pas de ph\u00e9nogramme<\/td>\n<\/tr>\n
fichier.na.nt.edi<\/td>\nComparaison simple par d\u00e9faut et pas de ph\u00e9nogramme<\/td>\n<\/tr>\n
fichier.nc.na.nt.edi<\/td>\nToutes les restrictions ci-dessus combin\u00e9es<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

 <\/p>\n

Que faire si l’enseignant travaille \u00e0 partir des s\u00e9quences de la base ?<\/h2>\n

La proc\u00e9dure que nous avons d\u00e9crit repose sur le renommage d’un fichier de s\u00e9quence.<\/p>\n

Si l’enseignant compte donner \u00e0 ses \u00e9l\u00e8ves des s\u00e9quences pr\u00e9sentes dans la banque interne de Geniegen2, il lui suffira de r\u00e9aliser cette manipulation en amont :<\/p>\n