{"id":867,"date":"2018-10-24T19:33:49","date_gmt":"2018-10-24T17:33:49","guid":{"rendered":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=867"},"modified":"2024-01-15T17:00:33","modified_gmt":"2024-01-15T16:00:33","slug":"modelisation-de-la-catalyse-enzymatique-avec-le-logiciel-edumodeles","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=867","title":{"rendered":"Mod\u00e9lisation de la catalyse enzymatique avec le logiciel Edu’mod\u00e8les"},"content":{"rendered":"

\"\"<\/a><\/p>\n

Avec la r\u00e9forme du lyc\u00e9e et les nouveaux programmes, le num\u00e9rique prend une place sensiblement nouvelle au coeur de notre enseignement. Il ne s’agit plus seulement d’utiliser le num\u00e9rique, mais \u00e0 pr\u00e9sent \u00e9galement des s’appuyer sur des capacit\u00e9s plus complexes faisant intervenir par exemple le codage ou la mod\u00e9lisation.<\/p>\n

Dans le nouveau programme de sp\u00e9cialit\u00e9 de 1\u00e8re, on peut lire notamment dans la rubrique \u00ab\u00a0le num\u00e9rique en SVT\u00a0\u00bb : nouvelles comp\u00e9tences num\u00e9riques chez les \u00e9l\u00e8ves : (…) de la mod\u00e9lisation num\u00e9rique<\/em><\/p>\n

Toujours dans ce programme, on note le retour de la catalyse enzymatique.<\/p>\n

Extrait :<\/p>\n

Connaissances<\/strong> : Les prot\u00e9ines enzymatiques sont des catalyseurs de r\u00e9actions chimiques sp\u00e9cifiques dans le m\u00e9tabolisme d\u2019une cellule.<\/em><\/p>\n

Capacit\u00e9s<\/strong> : \u00c9tudier les relations enzyme-substrat au niveau du site actif par un logiciel de mod\u00e9lisation mol\u00e9culaire<\/em><\/p>\n

Voici donc une bonne occasion de faire r\u00e9aliser \u00e0 nos \u00e9l\u00e8ves un mod\u00e8le de cette catalyse. L’\u00e9l\u00e8ve sera l’auteur du mod\u00e8le, il en d\u00e9finira les agents, et les r\u00e8gles.<\/p>\n

J’avais d\u00e9j\u00e0 r\u00e9alis\u00e9 une activit\u00e9 similaire avec l’excellent logiciel \u00ab\u00a0NetBioDyn\u00a0\u00bb, \u00e9crit par Pascal Ballet (ma\u00eetre de conf\u00e9rences). Cependant, ce logiciel pr\u00e9sente quelques difficult\u00e9s dans son interface (notamment le peuplement), et apr\u00e8s avoir \u00e9chang\u00e9 avec M. Ballet (je ne l’en remercierai jamais assez), j’ai d\u00e9cid\u00e9 d’adapter son logiciel afin de l’int\u00e9grer dans l’environnement unifi\u00e9 de mod\u00e9lisation que nous d\u00e9veloppons dans l’acad\u00e9mie (Edu’mod\u00e8les).<\/p>\n

Avec cette nouvelle interface, l’\u00e9l\u00e8ve peut, avec un minimum de consignes, cr\u00e9er un tel mod\u00e8le en une trentaine de minutes (en autonomie et avec peu voire pas d’aide).<\/p>\n

Dans la vid\u00e9o suivante je montre comment proc\u00e9der pour cr\u00e9er un tel mod\u00e8le.<\/p>\n

https:\/\/acamedia.ac-nice.fr\/watch_video.php?v=12S51748Y1SX<\/a><\/p>\n

 <\/p>\n

Selon le niveau de la classe, et les choix p\u00e9dagogiques de l’enseignant, il sera possible de guider ou d’aider l’\u00e9l\u00e8ve (de pr\u00e9f\u00e9rence en diff\u00e9renciant cette aide, c’est \u00e0 dire en ne la donnant qu’aux \u00e9l\u00e8ves en ayant r\u00e9ellement besoin).<\/p>\n

L’une des fa\u00e7on de guider l’\u00e9l\u00e8ve revient \u00e0 d\u00e9couper l’activit\u00e9 de mod\u00e9lisation en 2 phases :<\/p>\n

1\u00e8re phase = d\u00e9finition des agents
\n\"\"<\/a><\/strong><\/p>\n

L’\u00e9l\u00e8ve doit se demander quels seront les \u00ab\u00a0agents\u00a0\u00bb (ici les mol\u00e9cules) pr\u00e9sents dans notre environnement. Il arrivera \u00e0 la conclusion qu’on pourra rencontrer du maltose, de la maltose, des complexes E\/S et du glucose. On ne repr\u00e9sentera pas l’eau vu qu’elle est omnipr\u00e9sente dans l’environnement.<\/p>\n

A ce stade il n’a plus qu’\u00e0 cliquer sur \u00ab\u00a0Ajouter un agent\u00a0\u00bb et saisir le nom, et le nombre initial d’agents.<\/p>\n

Une fois tous les agents cr\u00e9\u00e9, il peut d\u00e9j\u00e0 tester son mod\u00e8le, et voir les mol\u00e9cules s’agiter, ce qui repr\u00e9sente un premier \u00ab\u00a0retour visuel\u00a0\u00bb encourageant.<\/p>\n

2\u00e8me phase = d\u00e9finition des r\u00e8gles<\/strong><\/p>\n

\"\"<\/a>Dans un deuxi\u00e8me temps il va falloir d\u00e9finir des \u00ab\u00a0comportements\u00a0\u00bb ou \u00ab\u00a0r\u00e8gles\u00a0\u00bb afin \u00ab\u00a0qu’il se passe quelque chose\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Par d\u00e9faut ces r\u00e8gles sont relatives \u00e0 des \u00ab\u00a0rencontres entre plusieurs agents\u00a0\u00bb, ce qui nous arrange puisque nous n’utiliserons que ce type de r\u00e8gle.<\/p>\n