{"id":929,"date":"2018-11-06T11:39:59","date_gmt":"2018-11-06T10:39:59","guid":{"rendered":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=929"},"modified":"2025-10-20T19:11:49","modified_gmt":"2025-10-20T17:11:49","slug":"modelisation-du-microbiote-resistance-a-la-colonisation-avec-le-logiciel-edumodeles","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=929","title":{"rendered":"Mod\u00e9lisation du microbiote (r\u00e9sistance \u00e0 la colonisation) avec le logiciel Edu&rsquo;mod\u00e8les"},"content":{"rendered":"<p>D\u00e9j\u00e0 abord\u00e9 au coll\u00e8ge, le microbiote s&rsquo;invite dans les programmes de lyc\u00e9e (avec la r\u00e9forme, d\u00e8s la rentr\u00e9e 2019) en classe de seconde.<\/p>\n<p>Relevons notamment cet objectif de connaissances : \u00ab\u00a0Le microbiote intestinal a un r\u00f4le indispensable dans l\u2019immunit\u00e9 et dans la digestion. \u00a0\u00bb<\/p>\n<p>Et cette notion : \u00ab\u00a0<em>comp\u00e9tition entre microbes<\/em>\u00ab\u00a0.<!--more--><\/p>\n<p>L&rsquo;activit\u00e9 que je propose consiste \u00e0 faire modifier par l&rsquo;\u00e9l\u00e8ve un mod\u00e8le existant afin qu&rsquo;il puisse tester l&rsquo;hypoth\u00e8se suivante :<\/p>\n<p>\u00ab\u00a0On suppose que la r\u00e9sistance \u00e0 la colonisation conf\u00e9r\u00e9e par le microbiote peut s&rsquo;expliquer (en partie) par la comp\u00e9tition exerc\u00e9e par les bact\u00e9ries non pathog\u00e8nes\u00a0\u00bb<\/p>\n<p>Bien entendu on ne partira pas du mod\u00e8le pour construire cette notion, mais de cas concrets (vid\u00e9o, documents &#8230;).<\/p>\n<p>Je propose ce document pour faire \u00e9merger l&rsquo;hypoth\u00e8se, mais tout autre document similaire ferait l&rsquo;affaire :<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=933\" rel=\"attachment wp-att-933\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone size-full wp-image-933\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture.jpg\" alt=\"\" width=\"981\" height=\"496\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture.jpg 981w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-300x152.jpg 300w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-768x388.jpg 768w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-500x253.jpg 500w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-600x303.jpg 600w\" sizes=\"auto, (max-width: 981px) 100vw, 981px\" \/><\/a><\/p>\n<p>Une fois les documents exploit\u00e9s (constats, interpr\u00e9tation), et l&rsquo;hypoth\u00e8se formul\u00e9e, on propose \u00e0 l&rsquo;\u00e9l\u00e8ve le mod\u00e8le suivant (voir lien en bas de l&rsquo;article) :<\/p>\n<div id=\"attachment_935\" style=\"width: 584px\" class=\"wp-caption alignright\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=935\" rel=\"attachment wp-att-935\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-935\" class=\"wp-image-935 size-large\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-1-1024x729.jpg\" alt=\"\" width=\"584\" height=\"416\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-1-1024x729.jpg 1024w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-1-300x214.jpg 300w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-1-768x547.jpg 768w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-1-422x300.jpg 422w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-1-600x427.jpg 600w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-1.jpg 1273w\" sizes=\"auto, (max-width: 584px) 100vw, 584px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-935\" class=\"wp-caption-text\">Etat initial du mod\u00e8le<\/p><\/div>\n<p>Ce mod\u00e8le, simplissime, comporte 4 types d&rsquo;agents :<\/p>\n<ul>\n<li>des nutriments, repr\u00e9sent\u00e9s par des points noirs<\/li>\n<li>des bact\u00e9ries non pathog\u00e8nes repr\u00e9sent\u00e9es par des cercles verts<\/li>\n<li>des bact\u00e9ries pathog\u00e8nes repr\u00e9sent\u00e9es par des cercles rouges<\/li>\n<li>quelques phagocytes, repr\u00e9sent\u00e9s par des carr\u00e9s violets<\/li>\n<\/ul>\n<p>Son fonctionnement s&rsquo;appuie sur 3 r\u00e8gles :<\/p>\n<ul>\n<li>afin de mod\u00e9liser le fait qu&rsquo;une bact\u00e9rie ait besoin de cro\u00eetre avant de pouvoir se diviser, on d\u00e9finit la r\u00e8gle algorithmique suivante :<br \/>\n\u00ab\u00a0bact\u00e9rie + nutriment =&gt; bact\u00e9rie + bact\u00e9rie\u00a0\u00bb<\/li>\n<li>afin de mod\u00e9liser la phagocytose, on d\u00e9finit la r\u00e8gle algorithmique suivante :<br \/>\n\u00ab\u00a0phagocyte + bact\u00e9rie pathog\u00e8ne =&gt; phagocyte\u00a0\u00bb<\/li>\n<li>afin de mod\u00e9liser le fait que les nutriments soient renouvel\u00e9s en permanence, on d\u00e9finit la r\u00e8gle algorithmique suivante: \u00ab\u00a0\u00e0 chaque tour il y a une probabilit\u00e9 qu&rsquo;un nutriment apparaisse sur une case\u00a0\u00bb<\/li>\n<\/ul>\n<p>Si on ex\u00e9cute le mod\u00e8le, on remarque que le nombre de bact\u00e9ries pathog\u00e8nes diminue au cours du temps, jusqu&rsquo;\u00e0 devenir nul.<\/p>\n<div id=\"attachment_936\" style=\"width: 584px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=936\" rel=\"attachment wp-att-936\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-936\" class=\"wp-image-936 size-large\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-2-1024x710.jpg\" alt=\"\" width=\"584\" height=\"405\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-2-1024x710.jpg 1024w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-2-300x208.jpg 300w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-2-768x532.jpg 768w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-2-433x300.jpg 433w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-2.jpg 1316w\" sizes=\"auto, (max-width: 584px) 100vw, 584px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-936\" class=\"wp-caption-text\">Etat du mod\u00e8le au bout de 4000 tours. Lest bact\u00e9ries pathog\u00e8nes ont disparu.<\/p><\/div>\n<p>On propose alors \u00e0 l&rsquo;\u00e9l\u00e8ve de v\u00e9rifier son hypoth\u00e8se en modifiant le mod\u00e8le.<\/p>\n<p>A ce stade, il est souhaitable que l&rsquo;\u00e9l\u00e8ve explicite une cons\u00e9quence v\u00e9rifiable qui soit testable dans ce mod\u00e8le.<\/p>\n<p>Par exemple : \u00ab\u00a0si notre hypoth\u00e8se est vraie, une r\u00e9duction de l&rsquo;effectif des bact\u00e9ries non pathog\u00e8nes r\u00e9duira la comp\u00e9tition exerc\u00e9e, et entra\u00eenera une prolif\u00e9ration des bact\u00e9ries pathog\u00e8nes\u00a0\u00bb.<\/p>\n<p>L&rsquo;\u00e9l\u00e8ve pourra alors tester cette hypoth\u00e8se en r\u00e9duisant l&rsquo;effectif des bact\u00e9ries non pathog\u00e8nes, \u00e9ventuellement jusqu&rsquo;\u00e0 0 (il est possible d&rsquo;utiliser la fonction \u00ab\u00a0d\u00e9peupler\u00a0\u00bb si l&rsquo;on ne souhaite pas modifier l&rsquo;effectif de l&rsquo;agent d\u00e9finitivement).<\/p>\n<div id=\"attachment_937\" style=\"width: 267px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=937\" rel=\"attachment wp-att-937\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-937\" class=\"wp-image-937 size-medium\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-3-267x300.jpg\" alt=\"\" width=\"267\" height=\"300\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-3-267x300.jpg 267w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-3.jpg 601w\" sizes=\"auto, (max-width: 267px) 100vw, 267px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-937\" class=\"wp-caption-text\">Interface de l&rsquo;agent, permettant de mettre \u00e0 0 son effectif initial<\/p><\/div>\n<p>S&rsquo;il lance alors le mod\u00e8le, il remarquera que les bact\u00e9ries pathog\u00e8nes prolif\u00e8rent \u00e0 une telle vitesse que les phagocytes ne peuvent plus les \u00e9radiquer. Il y a infection d\u00e8s lors que le nombre de bact\u00e9ries pathog\u00e8nes devient important.<\/p>\n<div id=\"attachment_938\" style=\"width: 293px\" class=\"wp-caption alignnone\"><a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?attachment_id=938\" rel=\"attachment wp-att-938\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-938\" class=\"wp-image-938 size-medium\" src=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-4-293x300.jpg\" alt=\"\" width=\"293\" height=\"300\" srcset=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-4-293x300.jpg 293w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-4-768x785.jpg 768w, https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-4.jpg 883w\" sizes=\"auto, (max-width: 293px) 100vw, 293px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-938\" class=\"wp-caption-text\">Etat du mod\u00e8le au bout de 1000 tours seulement, lorsqu&rsquo;il n&rsquo;y a pas de bact\u00e9ries non pathog\u00e8nes<\/p><\/div>\n<p>L&rsquo;hypoth\u00e8se est donc valid\u00e9e, la comp\u00e9tition exerc\u00e9e par les bact\u00e9ries non pathog\u00e8nes peut expliquer (au moins en partie) la r\u00e9sistance \u00e0 la colonisation par les bact\u00e9ries pathog\u00e8nes.<\/p>\n<p><strong>Remarque importante : les r\u00e9sultats du mod\u00e8le n&rsquo;ont pas la valeur d&rsquo;une preuve au sens scientifique.<\/strong> Seul des r\u00e9sultats exp\u00e9rimentaux peuvent prouver d\u00e9finitivement la validit\u00e9 d&rsquo;une hypoth\u00e8se. Le fait que les r\u00e9sultats obtenus avec le mod\u00e8le sont conformes \u00e0 ceux observ\u00e9s dans la r\u00e9alit\u00e9 valident uniquement l&rsquo;hypoth\u00e8se dans sa dimension logique (l&rsquo;hypoth\u00e8se \u00ab\u00a0tient la route\u00a0\u00bb, l&rsquo;explication propos\u00e9e peut expliquer les r\u00e9sultats observ\u00e9s).<\/p>\n<p>La vid\u00e9o suivante r\u00e9sume cette approche, et en propose une d\u00e9monstration :<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/acamedia.ac-nice.fr\/watch_video.php?v=ROKR4M53H5N9\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">https:\/\/acamedia.ac-nice.fr\/watch_video.php?v=ROKR4M53H5N9<\/a><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>D&rsquo;un point de vue m\u00e9thodologique, cette activit\u00e9 permet une approche en douceur de la mod\u00e9lisation, puisque l&rsquo;\u00e9l\u00e8ve part d&rsquo;un mod\u00e8le existant et en modifie les param\u00e8tres. Cela lui permet de d\u00e9couvrir les \u00ab\u00a0rouages\u00a0\u00bb d&rsquo;un mod\u00e8le, afin, plus tard, d&rsquo;\u00eatre pr\u00e9par\u00e9 \u00e0 en cr\u00e9er lui-m\u00eame.<\/p>\n<p>Pour cette raison, cette activit\u00e9 me semble tout \u00e0 fait appropri\u00e9e \u00e0 la classe de 2de.<\/p>\n<p>Une approche plus ambitieuse consisterait \u00e0 faire cr\u00e9er le mod\u00e8le par les \u00e9l\u00e8ves &#8230; mais je pense que ce type d&rsquo;activit\u00e9 est \u00e0 r\u00e9server \u00e0 des \u00e9l\u00e8ves ayant choisi la sp\u00e9cialit\u00e9 SVT en 1\u00e8re ou terminale.<\/p>\n<p style=\"text-align: right;\"><em>Auteur : Philippe Cosentino<\/em><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>Lien ouvrant directement ce mod\u00e8le dans Edumod\u00e8le :&nbsp;<a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/productions\/edumodeles\/algo\/index.htm?modele=microbiote2bact\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/productions\/edumodeles\/algo\/index.htm?modele=microbiote2bact<\/a><\/p>\n<p>Un exemple de fiche d&rsquo;activit\u00e9 : <a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Microbiote-et-Salmonellose.docx\">Microbiote et Salmonellose<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>D\u00e9j\u00e0 abord\u00e9 au coll\u00e8ge, le microbiote s&rsquo;invite dans les programmes de lyc\u00e9e (avec la r\u00e9forme, d\u00e8s la rentr\u00e9e 2019) en classe de seconde. Relevons notamment cet objectif de connaissances : \u00ab\u00a0Le microbiote intestinal a un r\u00f4le indispensable dans l\u2019immunit\u00e9 et dans la digestion. \u00a0\u00bb Et cette notion : \u00ab\u00a0comp\u00e9tition entre microbes\u00ab\u00a0.<\/p><p><a class=\"more-link btn\" href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?p=929\">Lire la suite<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":74,"featured_media":1318,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0,"footnotes":""},"categories":[133,18,8,74,1,356],"tags":[170,132,165,166,150,164],"class_list":["post-929","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-activites-sappuyant-sur-le-numerique","category-devant-ecran","category-logiciels","category-modeles-numeriques","category-non-classe","category-seconde","tag-170","tag-edumodeles","tag-microbiote","tag-salmonelle","tag-traams","tag-traams2019","nodate","item-wrap"],"rttpg_featured_image_url":{"full":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13.jpg",1601,240,false],"landscape":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13.jpg",1601,240,false],"portraits":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13.jpg",1601,240,false],"thumbnail":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13-150x150.jpg",150,150,true],"medium":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13-300x45.jpg",300,45,true],"large":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13-1024x154.jpg",436,66,true],"1536x1536":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13.jpg",1536,230,false],"2048x2048":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13.jpg",1601,240,false],"graphene_slider":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13.jpg",182,27,false],"graphene_featured_image":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13.jpg",436,65,false],"post-thumbnail":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13-1000x240.jpg",833,200,true],"advps-thumb-one":["https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/wp-content\/uploads\/sites\/5\/2018\/11\/Capture-13.jpg",600,90,false]},"rttpg_author":{"display_name":"Philippe COSENTINO","author_link":"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?author=74"},"rttpg_comment":0,"rttpg_category":"<a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?cat=133\" rel=\"category\">Activit\u00e9s s'appuyant sur le num\u00e9rique<\/a> <a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?cat=18\" rel=\"category\">Devant l'\u00e9cran<\/a> <a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?cat=8\" rel=\"category\">Logiciels<\/a> <a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?cat=74\" rel=\"category\">Mod\u00e8les num\u00e9riques<\/a> <a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?cat=1\" rel=\"category\">Non class\u00e9<\/a> <a href=\"https:\/\/www.pedagogie.ac-nice.fr\/svt\/?cat=356\" rel=\"category\">Seconde<\/a>","rttpg_excerpt":"D\u00e9j\u00e0 abord\u00e9 au coll\u00e8ge, le microbiote s&rsquo;invite dans les programmes de lyc\u00e9e (avec la r\u00e9forme, d\u00e8s la rentr\u00e9e 2019) en classe de seconde. 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