Banque de séquences de Geniegen 2

Séquences et packs disponibles


Saisissez quelques mots-clés :
protéines   
ARN   
ADN

Séquences et packs sélectionnés

Cliquez sur un élément pour le retirer de votre sélection

Charger ces séquences
    
Partager via un lien
    
Annuler

Banque d'enzymes de restriction de Geniegen 2

Enzymes disponibles


Saisissez quelques lettres du nom de l'enzyme :

Enzymes sélectionnées

Ces enzymes apparaîtront dans le menu déroulant rapide, dans le panneau inférieur de l'écran principal. Cliquez sur un élément du tableau ci-dessous pour le retirer de votre sélection.

Fermer la banque

Modification/édition d'une séquence



Modifier la séquence dans le champ ci-dessous puis cliquer sur le bouton "Appliquer" :


Appliquer
    
Annuler

Saisie manuelle ou copie/collage d'une séquence



Nom de la séquence :


Type de séquence :


Séquence (saisir ou coller dans le cadre ci-dessous la séquence de nucléotides / acides aminés) :
Ajouter cette séquence
    
Annuler
P.COSENTINO / P.PILLOT

GenieGen 2

Que voulez-vous faire pour commencer ?

Ouvrir la banque de séquences
Fermer ce panneau

Le saviez-vous ? Un clic droit sur le titre d'une séquence
permet d'accéder à des fonctions supplémentaires (BLAST par exemple).

Veuillez patienter

Informations sur cette séquence
Renommer
Modifier la séquence
Dupliquer la séquence
Déplacer en haut de la liste
Remonter d'une ligne
Transcrire en ARN (brin non transcrit)
Transcrire en ARN (brin matrice/transcrit)
Traduire en protéine (depuis le début)
Traduire (depuis le 1er codon ATG)
Créer le brin complémentaire
Afficher la structure 3D
Rechercher (BLAST)
Tracer un profil d'hydropathie

Supprimer
Histidine (His,H) #50

Substituer (remplacer) cet acide aminé
Insérer un acide aminé après
Insérer un acide aminé avant

Supprimer cet acide aminé
Supprimer tout ce qui suit
Supprimer tout ce qui précède

 
  Type de tableau :
noms complets des séquences dans la 1ère ligne
Bla bla bla
Le type de tableau de comparaison choisi () ne permet pas la construction d'un phénogramme (arbre matérialisant le degré de similitude entre les séquences).

Veuillez en choisir un autre dans la fenêtre "Tableau de comparaison".

Remarque : si la topologie d'un phénogramme paraît aberrante, vous pouvez également essayer d'utiliser une autre méthode d'alignement (Options / Algorithme d'alignement). Si les séquences sont très différentes notamment, l'algorithme "Diagonal" peut donner de meilleurs résultats.
Fichier
Edition
Actions
Affichage
Options
 P.Cosentino / P.Pillot, v0.0 (infos RGPD)
Ouvrir la banque de séquences (Alt B)
Saisir/coller une séquence
Exporter

A propos

Quitter l'application
Tout sélectionner (Ctrl A)
Tout désélectionner (Ctrl 0)
Inverser la sélection (Ctrl I)

Copier les séquences sélectionnées (Ctrl C)

Supprimer les séquences sélectionnées (Suppr)
Supprimer toutes les séquences (Alt Suppr)

D'autres actions sont possibles par
un clic droit.
Décocher "Enzymes de restriction" pour
pouvoir à nouveau aligner les séquences.
Aligner les séquences (Alt A)
Réaliser un DotPlot (2 séquences)
Transcrire les séquences
Traduire les séquences
Convertir en brin complémentaire
Inverser les séquences

Enzymes de restriction

Seules les séquences sélectionnées seront
concernées par ces actions.
D'autres actions sont possibles par
un clic droit.
Brin complémentaire
Tableau du code génétique
Abréviations des acides aminés
Structure 3D (protéine)
Electrophorèse (simulée)
Algorithme d'alignement
Caractère pour la délétion
Phénogramme
Code acides aminés
Numérotation
Autoriser le décalage

Identités (après alignement)
Coloration des résidus
Coloration 3D
Plein écran
(A) Nucléotide affiché
(꞊) Signe égal
(·) Point médian
(") Guillemet
Arrière plan coloré
Version pour daltonien
les séquences sélectionnées au format (.edi)
les séquences sélectionnées au format (.fasta)
les séquences alignées au format (.aln)
le tableau de comparaison (.csv)

les séquences alignées vers PhyloGraphe
chaîne
résidu (acide aminé)
similarité (conservation)
Needleman (classique, lent)
Diagonal (plus rapide)
Diag. / Needl. auto (par défaut)
PiscAmp
La séquence à l'écran correspond à celle du
  brin transcrit (ou brin matrice)
  brin non transcrit
à partir du début de la séquence
à partir du premier codon d'initiation
Méthode UPGMA (recommandé)
Méthode WPGMA
Tiret haut
Tiret bas
Nucléotide
Résidu / codon
1 lettre
3 lettres
Score total : 0
Algo : auto (Paul)