Banque de séquences de Geniegen 2

Séquences et packs disponibles


Saisissez quelques mots-clés :
protéines   
ARN   
ADN

Séquences et packs sélectionnés

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Banque d'enzymes de restriction de Geniegen 2

Enzymes disponibles


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Enzymes sélectionnées

Ces enzymes apparaîtront dans le menu déroulant rapide, dans le panneau inférieur de l'écran principal. Cliquez sur un élément du tableau ci-dessous pour le retirer de votre sélection.

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Modification/édition d'une séquence



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Séquence (saisir ou coller dans le cadre ci-dessous la séquence de nucléotides / acides aminés) :
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GenieGen 2

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Le saviez-vous ? Un clic droit sur le titre d'une séquence
permet d'accéder à des fonctions supplémentaires (BLAST par exemple).

Application : P.COSENTINO, algo : P. PILLOT
(Info RGPD et librairies utilisées)
Veuillez patienter
Informations sur cette séquence
Renommer
Modifier la séquence
Dupliquer la séquence
Déplacer en haut de la liste
Remonter d'une ligne
Transcrire en ARN (brin non transcrit)
Transcrire en ARN (brin matrice/transcrit)
Traduire en protéine (depuis le début)
Traduire (depuis le 1er codon ATG)
Créer le brin complémentaire
Afficher la structure 3D
Rechercher (BLAST)
Tracer un profil d'hydropathie
Supprimer
Histidine (His,H) #50
Substituer (remplacer) cet acide aminé
Insérer un acide aminé après
Insérer un acide aminé avant
Supprimer cet acide aminé
Supprimer tout ce qui suit
Supprimer tout ce qui précède

 
  Type de tableau :
noms complets des séquences dans la 1ère ligne
  Algorithme de distance :
Attention : l'algorithme de distance choisi () ne permet pas la construction d'un phénogramme (arbre matérialisant le degré de similitude entre les séquences).

Veuillez en choisir un autre dans la liste ci-dessus (Algorithme de distance).

Remarque : si la topologie d'un phénogramme paraît aberrante, vous pouvez également essayer d'utiliser une autre méthode d'alignement (Options / Algorithme d'alignement).
Fichier
Edition
Actions
Affichage
Options
 P.Cosentino, P.Pillot v0.0 (infos RGPD et librairies)
Ouvrir la banque de séquences (Alt B)
Saisir/coller une séquence
Exporter
►
A propos
Quitter l'application
Tout sélectionner (Ctrl A)
Tout désélectionner (Ctrl 0)
Inverser la sélection (Ctrl I)
Copier les séquences sélectionnées (Ctrl C)
Supprimer les séquences sélectionnées (Suppr)
Supprimer toutes les séquences (Alt Suppr)
D'autres actions sont possibles par
un clic droit.
Décocher "Enzymes de restriction" pour
pouvoir à nouveau aligner les séquences.
Aligner les séquences (Alt A)
Réaliser un DotPlot (2 séquences)
Transcrire les séquences
►
Traduire les séquences
►
Convertir en brin complémentaire
Inverser les séquences
Enzymes de restriction
Seules les séquences sélectionnées seront
concernées par ces actions.
D'autres actions sont possibles par
un clic droit.
Brin complémentaire
Tableau du code génétique
Abréviations des acides aminés
Structure 3D (protéine)
Electrophorèse (simulée)
Algorithme d'alignement
►
Caractère pour la délétion
►
Phénogramme
►
Code acides aminés
►
Numérotation
►
Autoriser le décalage
Identités (après alignement)
►
Coloration des résidus
►
Coloration 3D
►
Plein écran
(A) Nucléotide affiché
(꞊) Signe égal
(·) Point médian
(") Guillemet
Arrière plan coloré
Version pour daltonien
les séquences sélectionnées au format (.edi)
les séquences sélectionnées au format (.fasta)
les séquences alignées au format (.aln)
le tableau de comparaison (.csv)
les séquences alignées vers PhyloGraphe
chaîne
résidu (acide aminé)
similarité (conservation)
Needleman (classique, lent)
Diagonal (plus rapide)
Diag. / Needl. auto (par défaut)
PiscAmp
La séquence à l'écran correspond à celle du
  brin transcrit (ou brin matrice)
  brin non transcrit
à partir du début de la séquence
à partir du premier codon d'initiation
Méthode UPGMA (recommandé)
Méthode WPGMA
Tiret haut
Tiret bas
Nucléotide
Résidu / codon
1 lettre
3 lettres
Score total : 0
Algo : auto (Paul)

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