Principales fonctions du logiciel Jalview

Ouverture de fichiers ou de projets

Jalview reconnaît les principaux formats de fichiers de séquences utilisés en recherche : aln, pir, pfam. On peut donc ouvrir avec Jalview les fichiers reconnus par le logiciel Phylogène, mais pas directement les formats de fichiers propres au logiciel Anagène (.adn, .pro, .edi).
Par ailleurs, Jalview possède son propre format de fichier pour enregistrer et retrouver ensuite tout le contenu de la fenêtre de travail (appelé projet) : fenêtres d'alignements, arbres, modèles 3D.

Pour télécharger les séquences utilisées dans cet exemple : myoglobine_vertebres.aln, conservation_anticorps.jar

Ouverture d'un fichier de séquence

Dans la barre de menu de Jalview, choisir File > Input alignment > From file...
Parcourir ensuite l'arborescence de fichiers jusqu'au fichier voulu.
Pour rajouter ensuite le contenu d'un fichier à un alignement déjà ouvert, choisir dans la barre de menu de la fenêtre d'alignement File > Add sequences > From file...
Exemple
Le menu de la fenêtre principale de Jalview permet de charger un nouvel alignement
En utilisant les séquences proposées en téléchargement, on obtient une nouvelle fenêtre avec l'alignement Pour ajouter des séquences à cet alignement, il faut utiliser le menu File de cette fenête

Ouverture d'un "projet" Jalview

Les fichiers projet de Jalview sont créés uniquement par ce logiciel. Ils peuvent contenir tout ce qui est affiché dans la fenêtre de Jalview. Ces fichiers portent l'extension .jar et correspondent à des archives zippées.
Ce format est probablement le plus pratique à utiliser avec des élèves dans la mesure où toutes les données à utiliser sont disponibles et affichées telles que le souhaite le concepteur du projet.
Dans la barre de menu de Jalview, choisir File > Load project
Exemple
Le chargement du projet conservation_anticorps proposé en téléchargement donne le résultat suivant : Remarque : il n'y a plus besoin de charger les séquences de chaînes lourdes puis légères, ensuite de faire la liaison avec la structure 3D pour les deux alignements, ni d'afficher le modèle 3D : tout est conservé tel quel dans le projet.