Principales fonctions du logiciel Jalview

Affichage d'une structure 3D en relation avec une séquence de l'alignement

Le programme Jalview inclut le programme de visualisation moléculaire Jmol et peut donc afficher une structure tridimensionnelle de protéine en correspondance avec une séquence.
Le fichier de molécule peut être obtenu directement en ligne à partir de la Protein Data Bank si l'on connaît le code PDB à 4 lettres correspondant au modèle, ou bien à partir d'un fichier présent en local.
Une fois qu'une association est faite, elle est conservée dans le projet lorsqu'il est enregistrée ce qui évite de devoir recommencer la manipulation ensuite.

Pour télécharger les séquences utilisées dans cet exemple : myoglobines de vertébrés

Relier une séquence à un modèle 3D

Une fenêtre de visualisation s'affiche alors avec le modèle sélectionné qui peut être déplacé dans l'espace, coloré, etc...
Le survol des acides aminés de la séquence de référence entraîne un affichage de l'acide aminé correspondant dans le modèle 3D. Inversement, le survol de la structure 3D déplace le curseur sur l'acide aminé correspondan dans la séquence de référence
Exemple
La banque PDB possède un modèle de myoglobine humaine référencé sous le code 2MM1. À partir de l'alignement proposé en téléchargement on peut faire la liaison de ce modèle avec la séquence humaine :
Taper ensuite le code 2MM1 Le modèle 3d s'affiche ensuite (attendre un peu pour le téléchargement du modèle depuis la PDB). Remarque : On peut visualiser en bas à droite de l'image, la chaîne latérale de l'acide aminé survolé dans la séquence.

Colorer un modèle selon un alignement

Le menu Colours de la fenêtre de visualisation du modèle moléculaire propose une option de coloration en fonction de la séquence, laquelle reproduit pour chaque acide aminé la couleur correspondante à celle de l'alignement (voir la page sur les colorations d'alignements pour plus d'informations)
Colours > By Sequence
Exemple
La coloration de l'alignement pris en exemple en fonction du debré de conservation des acides aminés donne le résultat suivant : La coloration correspondante sur le modèle 3d permet de localiser dans l'espace les zones conservées ou variables au cours de l'évolution.