Principales fonctions du logiciel Jalview

Alignement de séquences

Un alignement de séquences est un traitement qui permet de mettre en évidence les similitudes entre les séquences en retrouvant la position des délétions ou des insertions probables.
Jalview permet de réaliser des alignements de façon manuelle, ou bien automatique. Dans ce dernier cas, deux possibilités sont à envisager : alignement de paires de séquences ou bien alignement de plus de deux séquences (alignement multiple).

Pour télécharger les séquences utilisées dans cet exemple : ABO.aln

Alignement manuel

Jalview peut fonctionner en éditeur d'alignements. En cliquant sur un résidu d'une séquence tout en maintenant la touche Maj enfoncée, on peut déplacer vers la droite une partie de la séquence, en mettant ainsi en évidence des discontinuités.
Exemple
La fenêtre suivante contient les séquences de trois allèles différents (A, B et O) du gène des groupes sanguins. La séquence est colorée par type de nucléotide (Colour > Nucleotide)
On peut repérer un décalage d'un nucleotide dû à une délétion en position 258 pour la séquence "O". Un clic droit + Maj sur l'adénine placée en position 258 permet de la décaler en position 259.

Alignement de séquences par paires (et méthode de construction d'une matrice des distances)

En local, Jalview peut calculer un alignement de séquences deux à deux et calculer une pourcentage de ressemblances entre séquences.
Calculate > Pairwise Alignments...
Exemple
Le résultat s'affiche dans une fenêtre de calcul et les alignements peuvent ensuite être importés dans une nouvelle fenêtre de visualisation en cliquant sur le bouton "View in alignment editor".
Remarque 1 :Notez qu'en dessous de chaque paire de séquences alignées est indiqué le Pourcentage d'identité. Par exemple pour ces trois séquences les pourcentages sont :
  • On peut donc en déduire la matrice des distances suivante :
    A B O
    A 0 0,38 0,09
    B 0 0,47
    O 0
    Remarque 2 : Dans la fenêtre de calcul d'alignement, une barre verticale (|) indique une identité, un point (.) dans un alignement de protéines indique une substitution par un acide aminé proche chimiquement (exemple valine/leucine), une absence de caractère indique une différence.

    Alignement de plusieurs séquences

    Pour calculer un alignement multiple de séquences, Jalview fait appel à des serveurs en ligne.
    Web Service > Alignment > (programme au choix)
    Plusieurs programmes d'alignements multiples sont proposés. Chacun possède son propre algorithme. Se référer aux modes d'emploi de chacun de ces programmes pour plus d'informations.
    Exemple
    La fenêtre en arrière plan est la fenêtre d'information qui s'ouvre lorsque la tâche est lancée et qui indique son déroulement jusqu'à exécution complète. La fenêtre au premier plan correspond à la fenêtre de résultat. Pour des commodités de lecture, l'alignement a été coloré par nucléotides et positionné au niveau de la délétion mise en évidence précédemment.