Principales fonctions du logiciel Jalview

Coloration de séquences

Par défaut les alignements affichés par Jalview ne sont pas colorés. La coloration permet de mettre en évidence visuellement les différences entre séquences (coloration par types de nuléotides ou d'acides aminés), ou bien des propriétés de l'alignement telles que la conservation de ses acides aminés ou nucléotides.

Pour télécharger les séquences utilisées dans cet exemple : ABO.aln , myoglobines de vertébrés

Coloration par type d'acide aminé ou type de nucléotide

Dans le menu Colours, ces colorations correspondent aux commandes :

Clustalx (Coloration par catégorie d'acide aminé)
Zappo (Coloration par catégorie d'acide aminé)
Taylor (Coloration par catégorie d'acide aminé)
Hydrophobicity (Coloration selon le caractère hydrophobe de chaque acide aminé)
Helix Propensity (Coloration selon la tendance de chaque acide aminé à participer à la formation d'une hélice)
Strand Propensity (Coloration selon la tendance de chaque acide aminé à participer à la formation d'un feuillet)
Turn Propensity (Coloration selon la tendance de chaque acide aminé à participer à la formation d'un coude)
Buried Index (Coloration selon la tendance de chaque acide aminé à être localisé vers l'intérieur d'une protéine)

Les couleurs utilisées pour chaque acide aminé dans chaque mode sont données par le tableau suivant :

	A	R	N	D	C	Q	E	G	H	I	L	K	M	F	P	S	T	W	Y	V	B	X	Z
Clustal
Zappo
Taylor
Hydrophobicity
Helix Propensity
Strand Propensity
Turn Propensity
Buried Index

Les couleurs utilisées pour la coloration par nucléotides sont les suivantes :

Exemple

La fenêtre suivante contient les séquences de trois allèles différents (A, B et O) du gène des groupes sanguins.
La séquence sans coloration (par défaut).

La séquence est colorée par type de nucléotide.

Remarque : on visualise ainsi un décalage entre séquences dû à une délétion en position 258 sur la séquence de l'allèle O.

Coloration en fonction du degré de conservation des acides aminés ou des nucléotides

Ces modes de coloration permettent de visualiser la localisation des zones conservées ou variables sur les protéines.
Jalview calcule automatiquement pour chaque position d'acide aminé sur un alignement (colonne), un indice de conservation compris entre 0 et 11. Cet indice est issu d'un calcul de partage de propriétés physico-chimiques entre acides aminés : si les acides aminés d'une même colonne possèdent des propriétés proches (charge, taille, etc...) alors le degré de conservation calculé sera élevé.
Les valeurs calculées pour l'alignement sont affichées dans l'histogramme "Conservation" situé au bas de l'alignement. Les modes de coloration permettant de visualiser la conservation des acides aminés sont :

BLOSUM62 score
Colore en Bleu foncé les résidus s'ils sont identiques à la séquence consensus calculée pour l'alignement, et en bleu clair s'ils sont proches de cette séquence.

idem proche différent
Percentage identity
Colore les résidus en fonction du pourcentage de résidus identiques à la séquence consensus

> 80 % > 60 % > 40% < 40%

Toutes les colorations peuvent ensuite être modulées en fonction du degré de conservation calculé (dégradé de couleur). La commande utilisée est Colour > By conservation...
Remarque : si aucune coloration n'est appliquée, l'effet de cette commande n'apparaîtra pas.

Exemple

Les images suivantes représentent un même alignement de séquences de myoglobines de vertébrés, en utilisant des colorations différentes

Coloration BLOSUM62

Coloration par pourcentage d'identité

Coloration par pourcentage d'identité avec l'option Coloration par degré de conservation.
Remarque : la discrimination entre les différents acides aminés est la plus forte avec ce type de coloration.

Coloration définie par l'utilisateur (tous les acides aminés sont colorés en rouge) avec l'option coloration par degré de conservation.
Pour télécharger le mode de coloration utilisé : rouge.jc