Principales fonctions du logiciel Jalview

Calcul et Tracé d'arbres phylogénétiques

À partir d'un alignement de séquences Jalview peut tracer un arbre phylogénétique.
Les distances entre séquences sont calculées soit par pourcentage d'identité, soit en utilisant la matrice de substitution BLOSUM62.
Les arbres peuvent être tracés en utilisant deux méthodes différentes : UGPMA ou Neighbour Joining.

Pour télécharger les séquences utilisées dans cet exemple : myoglobines de vertébrés

Tracé d'arbre phylogénétique

Dans le menu Calculate, choisir la commande Calculate Tree . Dans le cadre de notre enseignement le plus simple est sans doute d'utiliser la méthode UGPMA basée sur les pourcentages d'identité entre séquences : Average Distance Using % Identity
Exemple
Le tracé d'arbre à partir de l'alignement proposé en téléchargement donne le résultat suivant :
Remarque : les valeurs affichées sur les banches de l'arbre correspondent à une distance calculée en pourcentage de différence.
Pour supprimer ces valeurs de l'arbre, utiliser la commande View > Show distances

Regroupement visuel de séquences de l'alignement

En cliquant sur l'arbre, une ligne rouge verticale apparaît et permet de regrouper les séquences portées par une même branche recoupée par cet axe (voir exemple).
Les branches séparées postérieurement à cette ligne sont colorées d'une même couleur. Cette couleur est également reportée dans la fenêtre d'alignement. Cette fonction est surtout intéressante pour opérer des regroupements visuels dans les très grands alignements.
Exemple
Un clic sur l'alignement a permit de tracer la ligne rouge verticale au niveau du pointeur de la souris

Sur l'alignement correspondant, les séquences ont été colorées de la même façon (d'une même couleur verte apparaissent les mammifères).