EduAnat2 : quels changements par rapport à Edu’anatomist ?

Après des années de bons et loyaux services, Edu’anatomist, le logiciel utilisé pour visualiser des IRM en classe, tire sa révérence pour laisser la place à EduAnat2, son successeur.

Capture d'écran d'EduAnat2 montrant une IRMf associée à l'audition d'un son

Capture d’écran d’EduAnat2 montrant une IRMf associée à l’audition d’un son

Fruit du travail, sur plusieurs années, de l’équipe ACCES (celle à l’origine d’EduAnatomist), EduAnat2 représente un véritable progrès par rapport à son ancêtre :

  • l’interface a été grandement simplifiée et adaptée à des élèves de lycée
  • les axes et les plans sont annotés
  • le logiciel tourne sous Windows, Linux et MacOS ; il est de plus “portable” (il peut s’exécuter sur une clé USB)
  • pour la quasi totalité des IRM, une reconstitution 3D de la tête ou de l’organe est proposée
  • il est désormais possible de comparer dans une même fenêtre 2 IRM

La banque d’images qui lui était associée, NeuroPeda, est elle remplacée par une banque élargie, AnaPeda, qui contient (rassurez-vous) l’intégralité des anciennes IRM  converties au nouveau format (le format NIFTI, plus moderne). AnaPeda contient également de nouvelles images, notamment en lien avec les nouveaux programmes. Elle contient aussi des IRM et des CT-Scans sans rapport avec les neurosciences, comme par exemple des IRM de souris et de grenouille (pour étudier les plans d’organisation), un scan thorax+abdomen humain et même une pelote de réjection.

Comparaison dans une même fenêtre d’une IRM de souris et d’un Scan thoracique humain

Remarque importante : EduAnat2 n’ouvrira pas les fichiers au format ANALYZE (ceux d’Edu’anatomist), il est donc impératif de télécharger cette banque.

De plus, attirons l’attention sur la syntaxe particulière des noms de fichier de cette banque.

En général, un sujet d’expérience est associé au moins à 3 fichiers :

  • un fichier dont le nom se termine par .anat.nii.gz et qui correspond à l’IRM anatomique
  • un fichier dont le nom se termine par .fonc.nii.gz et qui correspond au calque fonctionnel
  • un fichier dont le nom se termine par .stl et qui correspond au modèle 3D

Il est bien entendu possible de renommer ce fichier, à condition d’une part de conserver ces extensions, et d’autre part de faire attention à ce que le nom de fichier de l’IRM anatomique soit le même que celui du modèle (à part pour l’extension bien entendu).

Par exemple :
IRMchien.anat.nii.gz
et
IRMchien.stl

(contrairement à Edu’anatomist, EduAnat2 supporte les accents dans le nom des dossiers)

Enfin, signalons que les valeurs de seuil de chaque image sont disponibles sur le site ACCES (voir liens plus bas), pour ceux qui préfèrent les donner aux élèves. Ces valeurs correspondent aux seuils utilisés dans les publications scientifiques dont sont issues les images.

 

Liens :