Tectoglob3D est un logiciel de type “globe virtuel”, qui propose de réunir l’ensemble des fonctionnalités utiles dans l’enseignement de la géologie au collège et au lycée.
Archives de l’auteur : Philippe COSENTINO
Adapter/convertir une activité NetBioDyn pour Edu’modèles : l’exemple d’un modèle de stratégie vaccinale
Edu’modèles est largement inspiré de NetBioDyn.
Dans bien des cas il est possible d’adapter un modèle conçu pour NetBioDyn afin qu’il tourne sur Edu’modèles, module algorithmique.
Nous prendrons l’exemple de la modélisation de la stratégie vaccinale, présenté sur cette page.
1ère étape : ouverture du modèle initial sous NetBioDyn
Tout d’abord il faut se procurer NetBioDyn et le modèle que l’on souhaite convertir. Pour ma part j’ai utilisé le kit proposé sur la page de Versailles.
On ouvre alors le modèle à partir de NetBioDyn.
2ème étape : configuration de la taille de l’environnement
En cliquant sur le bouton “Environnement” de NetBioDyn, j’apprends qu’il fait 50 x 50 cases. Je peux si je le souhaite donner la même taille à mon environnement sur Edu’modèles, en cliquant sur la roue dentée “Paramètres” sous “Environnement”.
3ème étape : création des agents
Les agents sont appelés “Entités” dans cette version de NetBioDyn. C’est la même chose.
En cliquant sur le bouton “Entités” de NetBioDyn, j’ai accès à la liste des entités :
- virus-rougeole
- sain-vacciné
- sain-non-vacciné
- infecté
- sain-immunisé
En sélectionnant un agent, et en appuyant sur “Editer”, je peux voir les caractéristiques de l’agent.
Ce qui m’intéresse et que je dois récupérer, c’est la probabilité de déplacement, et la demi-vie. Je peux aussi récupérer la couleur et la forme, mais cela est purement esthétique. Attention, la probabilité de déplacement est en % (0-100) sur Edu’modèles.
Capture d’écran de NetBioDyn
Sur la page de Versailles, l’énoncé dit qu’on démarre avec 10 virus de la rougeole. Je préciserai donc dans Edu’modèles qu’il y aura 10 entités de ce type au démarrage (ce qui est bien pratique car je n’aurai pas à les placer à la main).
Je crée ensuite l’entité correspondante sur Edu’modèles :
Capture du logiciel Edu’modèles
Je procède de même pour tous les autres agents, ce qui est facile ici vu qu’ils ont tous les mêmes caractéristiques : demi-vie 0 (infinie), et probabilité de déplacement 100%.
4ème étape : création des règles
Les règles sont appelées “comportements” dans cette version de NetBioDyn. Pour y avoir accès, je clique sur le bouton “Comportements”.
Pour connaître chaque comportement, je clique sur “Editer”.
Il est alors très simple d’adapter pour Edu’modèles, en créant les règles équivalentes (attention, probabilités en %).
5ème étape : paramétrage initial
On respecte les consignes du site de Versailles : 10 individus infectés, 90 individus non infectés et 10 entités du virus de la rougeole.
Dans Edu’modèles, les effectifs sont toujours indiqués dans la légende :
6ème étape : exécution du modèle
On lance alors le modèle en cliquant sur le triangle lecture à gauche de l’écran (il est possible de régler la vitesse au maximum pour les impatients).
On obtient alors le graphique suivant (en ordonnée, le nombre de personnes infectées). Pour l’interprétation, veuillez-vous référer à la page du site de Versailles.
Reste alors à reproduire la simulation, en modifiant le nombre d’individus vaccinés … et en prenant garde à ce que le total d’individus soit égal à 100.
Conclusion
La conversion d’un modèle conçu pour NetBioDyn vers Edu’modèles ne pose pas de problèmes insurmontables. Cela prend par contre du temps (compter une demi-heure pour un modèle un peu complexe).
A chacun ensuite de choisir l’outil qui lui convient le mieux.
Références
Lien vers le modèle converti :
https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/edumodeles/algo/index.htm?modele=strategie-vaccinale-versailles
Version alternative avec décès possible :
https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/edumodeles/algo/index.htm?modele=strategie-vaccinale-versailles-deces
Lien vers la page présentant le modèle NetBioDyn sur le site de Versailles :
https://svt.ac-versailles.fr/spip.php?article969
Edu’modèles en version “hors-ligne”
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Afin de pallier d’éventuelles déficiences du réseau, nous mettons à votre disposition une version “hors-ligne” d’Edu’modèles.
Veillez à la mettre à jour au moins une fois par an, de nouvelles fonctionnalités ou des correctifs étant ajoutés régulièrement.
Lien vers la version hors-ligne :
https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/edumodeles/edumodeles-local.zip
Lien vers les articles traitant d’Edu’modèles :
https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/?tag=edumodeles
[TraAMs] Mettre l’élève en situation de concevoir et de réaliser un modèle numérique
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Dans le cadre des Travaux Académiques Mutualisés (TraAM) de l’année scolaire 2018-2019, plusieurs enseignants de SVT de l’académie de Nice, sous l’égide de leur IA-IPR, ont travaillé sur le sujet de la modélisation, dans le thème plus large “SVT algorithmique et codage”.
Notre problématique était la suivante : “Quel est l’intérêt pour l’élève de concevoir ses propres modèles numériques, et comment lui permettre de les réaliser ?” Continuer la lecture
Modéliser les différentes dynamiques d’un écosystème marin soumis à une perturbation anthropique
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Modélisation multi-agents avec Edu’modèles : principe, technique et intérêt pédagogique
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Par Philippe Cosentino
Contrairement à la modélisation “analytique” (qui repose sur la manipulation de variables, liées par des relations mathématiques), la modélisation par agents est abordable, intuitive, et accessible aux élèves dès le cycle 4. Continuer la lecture
Un modèle moléculaire simplifié pour étudier la complémentarité lactase-lactose
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Par Philippe Cosentino
La lactase (bêta galactosidase) est un tétramère, ce qui rend complexe son étude en classe.
Modèle original : 1JYN (PDB)
Nous proposons un modèle simplifié, limité à un seul monomère, et débarrassé de toutes les molécules de solvant, les ions, l’eau (plusieurs centaines) présentes initialement dans le fichier (H2O, DMS, Na+, Mg++, etc.).
Certaines molécules d’eau et des ions Mg++ interviennent dans la catalyse, mais nous avons choisi délibérément de ne laisser que le lactose et l’enzyme.
Le modèle initial comportait une mutation empêchant la catalyse (sans quoi il aurait été impossible de cristalliser le complexe), il a fallu modifier le fichier pour remplacer un Gln par Glu et ainsi “annuler” la mutation (merci Paul Pillot).
Capture d’écran de Libmol utilisant ce modèle
Il peut être ouvert avec Rastop, Libmol ou tout autre logiciel de visualisation moléculaire.
Télécharger le modèle (à dézipper) :
Utiliser Géoportail pour montrer l’évolution de la biodiversité écosystémique
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Auteur : Philippe Cosentino
Pour travailler sur des cartes et territoires, l’enseignant de SVT dispose de divers outils que l’on qualifie de SIG (Systèmes d’Information Géographiques). Certains sont très complets mais également complexes, comme QGIS ; d’autres au contraire sont très simples d’accès mais plus restreints, comme Google Earth, qui reste le globe virtuel le plus utilisé dans notre discipline.
Il existe pourtant un outil en ligne, entièrement français, simple d’accès, qui permet d’accéder à un large bouquet d’informations cartographiques, certes limitées à notre territoire : Géoportail. Continuer la lecture
Utiliser ÉduAnat2 pour mettre en évidence les aires cérébrales impliquées dans l’audition
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“Entendre la musique”, voilà l’un des thèmes que l’on doit traiter dans le cadre de l’enseignement scientifique, en classe de première.
Cette fonction va bien au delà de la simple perception du son, puisqu’il s’agit de montrer qu’un traitement a lieu dans le cerveau, traitement permettant d’interpréter “l’univers sonore”. Continuer la lecture
Modéliser la dynamique et la résilience d’une forêt mixte (chênaie/hêtraie)
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Auteur : Philippe Cosentino
Avec le nouveau programme de spécialité (première), la dynamique écologique fait son entrée dans nos enseignements.
Par essence, cette partie se prête particulièrement à la modélisation, cette approche étant particulièrement pertinente pour tester les conséquences des interactions entre les êtres vivants sur la dynamique des écosystèmes.
L’un des aspects de cette dynamique, qu’il s’agit de traiter, est la résilience des écosystèmes après une perturbation tel qu’un incendie.
L’activité que nous proposons permet d’aborder ces différents aspects de la dynamique des écosystèmes.
Le scénario présenté dans cet article s’appuie uniquement sur des documents, mais dans l’idéal, il serait souhaitable de partir d’observations de terrain. Dans notre académie, la forêt de la Sainte Baume présente une phytogéographie remarquable.
Capture d’écran du modèle complet