Un modèle moléculaire simplifié pour étudier la complémentarité lactase-lactose

Mis en avant

Par Philippe Cosentino

La lactase (bêta galactosidase) est un tétramère, ce qui rend complexe son étude en classe.

Modèle original : 1JYN (PDB)

Nous proposons un modèle simplifié, limité à un seul monomère, et débarrassé de toutes les molécules de solvant, les ions, l’eau (plusieurs centaines) présentes initialement dans  le fichier (H2O, DMS, Na+, Mg++, etc.).

Certaines molécules d’eau et des ions Mg++ interviennent dans la catalyse, mais nous avons choisi délibérément de ne laisser que le lactose et l’enzyme.

Le modèle initial comportait une mutation empêchant la catalyse (sans quoi il aurait été impossible de cristalliser le complexe), il a fallu modifier le fichier pour remplacer un Gln par Glu et ainsi “annuler” la mutation (merci Paul Pillot).

Capture d'écran de Libmol utilisant ce modèle

Capture d’écran de Libmol utilisant ce modèle

Il peut être ouvert avec Rastop, Libmol ou tout autre logiciel de visualisation moléculaire.

Télécharger le modèle (à dézipper) :

lactase-lactose-leger.zip

Imprimante 3D et modèles moléculaires

Les imprimantes 3D permettent de réaliser des modèles en matière plastique. Il est relativement facile de réaliser un modèle moléculaire dans cette matière à partir d’un fichier PDB.

Ce document relate une expérimentation d’impression 3D de modèles moléculaires. Il a été rédigé en 2013, depuis de nouvelles possibilités sont apparues dans ce domaine, notamment avec le logiciel Libmol, écrit par Paul Pillot, et qui permet d’exporter très simplement des modèles (plus précisément des surfaces), en quelques clics, au format STL.

Lien vers le document au format pdf : bilan_impression_3d_molecules

Auteur : Philippe COSENTINO

Comparaison de modèles moléculaires et de mailles cristallines (matière issue du vivant versus matière minérale)

Cette application permet d’afficher diverses molécules et mailles cristallines, afin de compter les atomes qui les constituent.

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/molecules/vivant-inerte/

Autre version (davantage de molécules) :

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/molecules/vivant-inerte/index2.htm

Auteur : Philippe Cosentino

Activités autour de l’anticorps anti GP-120

Application permettant de réaliser diverses opérations sur l’anticorps anti GP-120 : colorations, mise en évidence d’acides aminés précis …

En mettant en évidence les acides-aminés variables (à partir d’un document fourni par l’enseignant), l’élève pourra ainsi mettre en évidence la partie impliquée dans la reconnaissance de l’antigène.

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/molecules/anticorps/

Auteur : Philippe Cosentino