Modélisation du métabolisme des levures avec Scratch

Mis en avant

Par Sébastien Gruszka

Objectifs :

Ce projet a été réalisé dans le cadre des Traams 2019 de l’académie de Nice “Modélisation et codage en SVT”.

L’objectif est de faire un lien entre les enseignements d’ICN (ou technologie en collège) et de SVT, en faisant coder (en scratch) aux élèves d’ICN un programme modélisant le métabolisme des levures  de l’équipement spécialisé dont les enzymes. Il est possible de prolonger cette activité en illustrant le contrôle du métabolisme  par des conditions de milieu  comme la température (notions abordées dans l’ancien programme de  SVT ).

Les élèves doivent élaborer un programme qui  modélise les réactions métaboliques qui se produisent dans le bio réacteur afin d’aider la compréhension des résultats expérimentaux obtenus par EXAO.

Scratch , logiciel connu des élèves depuis  le collège,  présente l’avantage de programmer sans avoir de problème de syntaxe, tout en permettant d’aborder les notions de conditions, boucles, variables essentielles à l’élaboration du projet.

Présentation du programme :

  • L’écran d’accueil présente les différents “agents”  utilisés dans le modèle O2, CO2, , éthanol, glucose et levure qui sont représentés par des boules de différentes couleurs.
  • Début du programme (en cliquant sur le bioréacteur) : choix des différents paramètres pour rendre le modèle interactif et modifiable (quantité de molécule,  levure mutée et éventuellement effet de la température ).
  • Le programme se lance et on observe la levure, l’O2 et le CO2 qui se déplacent : pas de réaction si levures sans glucose.
  • Ajout de glucose en cliquant sur la seringue.
  • Si la levure touche O2 (jaune) et glucose (vert) elle produit du CO2 (violet)
    et l’O2 et le glucose disparaissent = respiration.
  • Quand la levure n’a pas respiré depuis 10 secondes (il ne reste plus beaucoup d’O2) la levure commence la fermentation = si la levure touche glucose (vert)
    elle produit du CO2 (violet) et de l’éthanol (noir).
  • Afin de vérifier que le modèle est en adéquation avec les résultats obtenus par EXAO, on peut récupérer l’évolution des paramètres mesurés qui sont enregistrés dans des listes afin de tracer un graphique à l’aide d’un tableur (voir vidéo).
  • Si la levure sélectionnée est mutée, elle ne consomme pas l’O2 donc elle ne réalise que la fermentation : Le métabolisme dépend de l’équipement spécialisé de chaque cellule (organites, macromolécules dont les enzymes).
  • Si la température sélectionnée est inférieure à 20°C, la vitesse de déplacement des lutins est plus faible donc les réactions sont plus lentes : influence du l’environnement sur le métabolisme (ancien programme).

Résultats obtenus

Ci-dessous, présentation vidéo du projet :

 

Proposition pédagogique : Faire coder le programme aux élèves avec scratch

  • Présentation du projet en utilisant le padlet (sans les consignes)
  • Avant de commencer à programmer, donner le projet à compléter ainsi que quelques questions préparant la programmation.
  • Au cours des séances suivantes les élèves codent pas à pas (ajout des consignes au fur et à mesure sur le padlet).
  • Les notions de programmation indispensables pour réaliser ce projet et qui doivent avoir été abordées avant sont :
    • Variables (évolution O2, CO2, Ethanol, glucose, temps, durée de déplacement…​)
    • Utilisation de la fonction clonage
    • Conditions (si, si sinon…)
    • Communication entres lutins (messages)
    • Réaliser un questionnaire

L’enseignement d’ICN sera remplacé à la rentrée 2019 par la discipline SNT qui n’a pas les même objectifs.Il sera difficile de réaliser ce projet car le langage de programmation est imposé (Python) et la place de la programmation est bien moindre.

Il sera cependant possible d’adapter la démarche dans le cadre d’un projet d’élève en NSI (première ou terminale) codé en Python (exemple) ou dans le cadre des EPI (SVT Technologie Mathématiques) en cycle 4,  classe de 3ème.

Proposition pédagogique : Utiliser le programme réalisé par les élèves en TP de SVT

L’utilisation du programme peut être réalisée par d’autres élèves dans un TP de SVT mais ne remplace en rien l’étude du métabolisme des levures par EXAO. Ce programme est élaboré pour aider à la compréhension des résultats expérimentaux pas pour les remplacer.

L’utilisation de cette modélisation ne peut donc pas être placée au le début d’une démarche pédagogique.

Connaissances  :

Pour assurer les besoins fonctionnels d’une cellule, de nombreuses transformations biochimiques s’y déroulent : elles constituent son métabolisme.

Une voie métabolique est une succession de réactions biochimiques transformant une molécule en une autre.

  • Etape 1 : Modélisation du métabolisme des levures non mutée à 40 °C
    • Passer en mode plein écran
    • Cliquer sur le drapeau Vert
    • Cliquer sur la légende pour comprendre la modélisation
    • Cliquer sur le dispositif EXAO pour commencer
    • Choisir les conditions de modélisation
      • CO2 = 1
      • Glucose = 100
      • O2 = 50
      • Température = 40°C
      • Levure mutée = non
    • Cliquer sur la seringue pour injecter le glucose
    • Cliquer sur l’icône I  pour afficher la légende si besoin

Q1 : Indiquer ce que fait la levure quand on ajoute le glucose.

Aides : observer les différentes boules, observer l’évolution du nombre de boules…

Q2 : Indiquer à partir de quel moment se forme de l’éthanol.

Q3 : Indiquer à partir de quelle(s) molécule(s) se forme l’éthanol.

Modéliser la dynamique et la résilience d’une forêt mixte (chênaie/hêtraie)

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Auteur : Philippe Cosentino

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Par essence, cette partie se prête particulièrement à la modélisation, cette approche étant particulièrement pertinente pour tester les conséquences des interactions entre les êtres vivants sur la dynamique des écosystèmes.

L’un des aspects de cette dynamique, qu’il s’agit de traiter, est la résilience des écosystèmes après une perturbation tel qu’un incendie.

L’activité que nous proposons permet d’aborder ces différents aspects de la dynamique des écosystèmes.

Le scénario présenté dans cet article s’appuie uniquement sur des documents, mais dans l’idéal, il serait souhaitable de partir d’observations de terrain. Dans notre académie, la forêt de la Sainte Baume présente une phytogéographie remarquable.

Capture d’écran du modèle complet

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Utiliser Edu’modèles pour comprendre l’augmentation du nombre d’éléphants sans défenses dans certaines réserves africaines

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Le cas étudié est connu (largement repris dans les manuels scolaires) : le braconnage exercerait une pression de sélection telle sur les éléphants portant des défenses, que la proportion d’éléphants sans défenses (chez les femelles essentiellement) augmenterait de manière significative. Continuer la lecture

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Relevons notamment cet objectif de connaissances : “Le microbiote intestinal a un rôle indispensable dans l’immunité et dans la digestion. ”

Et cette notion : “compétition entre microbes“. Continuer la lecture

Modélisation de la catalyse enzymatique avec le logiciel Edu’modèles

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Avec la réforme du lycée et les nouveaux programmes, le numérique prend une place sensiblement nouvelle au coeur de notre enseignement. Il ne s’agit plus seulement d’utiliser le numérique, mais à présent également des s’appuyer sur des capacités plus complexes faisant intervenir par exemple le codage ou la modélisation. Continuer la lecture

Biodiversité et librairie de molécules (TRAAMs 2011-2012)

(Transféré à partir de l’ancien site)

Auteur : Paul Pillot

Version HTML :

https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/html/recepteur-nicotinique-biodiversite/index.html

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