Adapter/convertir une activité NetBioDyn pour Edu’modèles : l’exemple d’un modèle de stratégie vaccinale

Edu’modèles est largement inspiré de NetBioDyn.

Dans bien des cas il est possible d’adapter un modèle conçu pour NetBioDyn afin qu’il tourne sur Edu’modèles, module algorithmique.

Nous prendrons l’exemple de la modélisation de la stratégie vaccinale, présenté sur cette page.

1ère étape : ouverture du modèle initial sous NetBioDyn

Tout d’abord il faut se procurer NetBioDyn et le modèle que l’on souhaite convertir. Pour ma part j’ai utilisé le kit proposé sur la page de Versailles.

On ouvre alors le modèle à partir de NetBioDyn.

2ème étape : configuration de la taille de l’environnement

En cliquant sur le bouton “Environnement” de NetBioDyn, j’apprends qu’il fait 50 x 50 cases. Je peux si je le souhaite donner la même taille à mon environnement sur Edu’modèles, en cliquant sur la roue dentée “Paramètres” sous “Environnement”.

 

3ème étape : création des agents

Les agents sont appelés “Entités” dans cette version de NetBioDyn. C’est la même chose.

En cliquant sur le bouton “Entités” de NetBioDyn, j’ai accès à la liste des entités :

  • virus-rougeole
  • sain-vacciné
  • sain-non-vacciné
  • infecté
  • sain-immunisé

En sélectionnant un agent, et en appuyant sur “Editer”, je peux voir les caractéristiques de l’agent.

Ce qui m’intéresse et que je dois récupérer, c’est la probabilité de déplacement, et la demi-vie. Je peux aussi récupérer la couleur et la forme, mais cela est purement esthétique. Attention, la probabilité de déplacement est en % (0-100) sur Edu’modèles.

Capture d’écran de NetBioDyn

Sur la page de Versailles, l’énoncé dit qu’on démarre avec 10 virus de la rougeole. Je préciserai donc dans Edu’modèles qu’il y aura 10 entités de ce type au démarrage (ce qui est bien pratique car je n’aurai pas à les placer à la main).

Je crée ensuite l’entité correspondante sur Edu’modèles :

Capture du logiciel Edu’modèles

Je procède de même pour tous les autres agents, ce qui est facile ici vu qu’ils ont tous les mêmes caractéristiques : demi-vie 0 (infinie), et probabilité de déplacement 100%.

4ème étape : création des règles

Les règles sont appelées “comportements” dans cette version de NetBioDyn. Pour y avoir accès, je clique sur le bouton “Comportements”.

Pour connaître chaque comportement, je clique sur “Editer”.

Il est alors très simple d’adapter pour Edu’modèles, en créant les règles équivalentes (attention, probabilités en %).

5ème étape : paramétrage initial

On respecte les consignes du site de Versailles : 10 individus infectés, 90 individus non infectés et 10 entités du virus de la rougeole.

Dans Edu’modèles, les effectifs sont toujours indiqués dans la légende :

6ème étape : exécution du modèle

On lance alors le modèle en cliquant sur le triangle lecture à gauche de l’écran (il est possible de régler la vitesse au maximum pour les impatients).

On obtient alors le graphique suivant (en ordonnée, le nombre de personnes infectées). Pour l’interprétation, veuillez-vous référer à la page du site de Versailles.

Reste alors à reproduire la simulation, en modifiant le nombre d’individus vaccinés … et en prenant garde à ce que le total d’individus soit égal à 100.

 

Conclusion

La conversion d’un modèle conçu pour NetBioDyn vers Edu’modèles ne pose pas de problèmes insurmontables. Cela prend par contre du temps (compter une demi-heure pour un modèle un peu complexe).

A chacun ensuite de choisir l’outil qui lui convient le mieux.

 

Références

Lien vers le modèle converti :
https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/edumodeles/algo/index.htm?modele=strategie-vaccinale-versailles

Version alternative avec décès possible :
https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/edumodeles/algo/index.htm?modele=strategie-vaccinale-versailles-deces

Lien vers la page présentant le modèle NetBioDyn sur le site de Versailles :
https://svt.ac-versailles.fr/spip.php?article969