Etudier un fragment de membrane plasmique (comportant un récepteur protéique) avec Libmol

par Philippe Cosentino

Dans le programme d’enseignement scientifique de la classe de première, la membrane plasmique fait partie des notions exigibles.

Extrait du B.O. : « La cellule est un espace séparé de l’extérieur par une membrane plasmique. Cette membrane est constituée d’une bicouche lipidique et de protéines. »

Il est tout à fait possible d’utiliser l’application de visualisation moléculaire Libmol pour observer et manipuler cette membrane (bicouche + protéines) à l’échelle moléculaire.

En quelques clics, on obtient ceci :

Capture d’écran du logiciel Libmol

Pour obtenir ce résultat dans Libmol :

  •  sélectionner les protéines
  • représenter en ruban, colorer en vert à l’aide de la palette
  • tant que les protéines sélectionnées, ajouter une surface et régler son opacité à 50%
  • sélectionner le dernier phospholipide (POPE) dans l’onglet séquence, et le représenter en sphères

Cette activité peut se faire en utilisant un ordinateur, mais également à partir d’une tablette en donnant à l’élève le « lien direct » vers le modèle (il s’agit d’un lien raccourci).

 

Liens

Libmol version en ligne

Libmol version exécutable

Lien direct ouvrant le modèle directement dans Libmol : bit.ly/3BJ7uhg

Lien direct ouvrant le modèle en plein écran, sans le menu latéral (idéal pour tablettes) :
bit.ly/3yS9CS4

Modèle à télécharger au format .pdb

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