Un diaporama pour comprendre et préparer l’épreuve du “grand oral”

Nous mettons à votre disposition le diaporama utilisé comme support lors de la formation à l’épreuve du grand oral.

Ce diaporama donne des clés pour comprendre les objectifs et modalités de cette épreuve, accompagner l’élève dans sa préparation, et évaluer la prestation de l’élève.

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Élèves éloignés – Lycées, ressources pour assurer la continuité pédagogique

Chères et chers collègues,

vous trouverez dans cet article une sélection des ressources qui pourront vous être utiles et qui peuvent être proposées  dans le cadre d’un enseignement hybride ou en distanciel ,pour assurer  la continuité pédagogique en particulier en lycée. Lire la suite

Continuité pédagogique et accompagnement à distance : la lettre de l’inspection

 

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Remise des prix des Olympiades Nationales de Biologie

Cérémonie académique de remise des prix ONB 2021

La cérémonie académique de remise des prix des Olympiades Nationales de Biologie s’est déroulée en distanciel pour les lauréats ainsi que leur professeur et en présentiel pour le jury et des chercheurs du CNRS, dans les bureaux du CNRS DR20 de Sophia Antipolis .

Cette cérémonie a été l’occasion, pour chacun des jury, d’exprimer ses félicitations aux candidats et d’expliciter les choix qui ont été réalisés en relation avec la problématique du projet, sa réalisation technique ainsi que l’engagement mis par les équipes d’élèves. Les contraintes liées aux conditions sanitaires de pandémie ont été dépassées par une persévérance et un engagement qui a été mis en avant par le jury.

La remise des prix s’est déroulée avec visionnage des clips de chaque groupe lauréat et félicitations par l’un des membres du jury. Chaque groupe a aussi pu s’exprimer sur son ressenti.

Les prix du concours académique de Nice ONB 2021

Pour les groupes d’élèves engagés, c’est la satisfaction d’avoir réalisé un travail d’équipe,  depuis sa conception jusqu’à son aboutissement ce qui est déjà gratifiant mais différents prix récompensaient en plus les lauréats. Pour les 3 groupes lauréats : 5 livres sur la Biologie et la Nature offerts par le Parc National de Port Cros et le CNRS et une invitation à rencontrer des chercheurs en Biologie au sein des laboratoires de Biologie du CNRS. L’occasion de côtoyer, au plus près, des biologistes, dans leur laboratoire et dans leurs pratiques quotidiennes.

Pour les 2 premiers lauréats, une sortie en mer sur le voilier associatif et éducatif Rose of Jéricho basé à Vallauris a été offerte. Ce voilier éducatif sera l’occasion de profiter d’une initiation à la navigation d’un voilier de 16m en réalisant un travail d’équipe, compétence indispensable dans les futures activités professionnelles des lycéens.

Vers les ONB 2022

Cette première édition des ONB a permis de tirer un bilan des actions à mener pour faire participer le plus grand nombre de projets académiques de qualité. Au niveau national, ce sont les projets qui associaient des biologistes qui ont été les plus structurés et aussi les plus appréciés par le jury national. L’année prochaine, des partenaires pourraient être sollicités dans l’Académie de Nice : le CNRS qui hébergeait le cérémonies de remise des prix s’est proposé de demander à des biologistes volontaires d’encadrer les groupes de l’Académie de Nice en 2022. Le Parc National de Port Cros est également favorable à un partenariat avec des élèves des ONB. Cette possibilité de partenariat permettra un travail structuré, avec une validation scientifique et des manipulations/expérimentations/observations ou analyses concrètes dans les laboratoires. Autant de possibilités pour réaliser des projets ambitieux et performants. Le thème pour les ONB 2022 a d’ores et déjà été annoncé par le comité des ONB (https://olympiadesdebiologie.fr/) : « La communication dans le vivant ».

A vos idées !

EduAnat2 et pondérations : pourquoi les couleurs semblent inversées sur certaines IRM ?

par Philippe Cosentino

La question revient souvent : “Pourquoi sur certaines IRM anatomiques, la substance blanche cérébrale apparaît plus sombre que le cortex, alors que sur d’autres c’est l’inverse ?”.

Sur cette capture d’écran (sujet 12211), le cortex apparaît bien plus clair que la substance blanche.

Comme nous allons le voir, ce qui ressemble à une “inversion” des niveaux de gris entre ces deux tissus ne relève pas d’une erreur mais d’un choix délibéré.

 

Un exemple pour comprendre

Prenons par exemple le sujet 12222 qui souffre d’une tumeur dans le lobe temporal (près de l’aire auditive).

Pour commencer, lorsque l’on explore le dossier contenant son imagerie, on remarque que deux IRM anatomiques sont disponibles. Au nom de fichier de la première est accolé “T1” alors qu’à l’autre est accolé “T2”.

Si nous ouvrons et comparons ces 2 images que constatons-nous.

Sur l’image de gauche (T1) la substance blanche apparaît plus claire que le cortex, alors que sur l’image de droite (T2) c’est le contraire.

On retrouve cela dans d’autres lots d’images, dans la banque AnaPeda, et à chaque fois les images notées T2 présentent une substance blanche sombre.

Il s’agit donc de comprendre à quoi correspondent ces T1 et T2 qui semblent déterminants.

 

Pondérations T1 et T2 : point théorique

Avant d’expliquer à quoi correspondent ces temps T1 et T2, il est nécessaire de faire un petit récapitulatif théorique.

L’IRM anatomique, qui repose sur la résonnance magnétique nucléaire, a un fonctionnement dont le principe peut se résumer ainsi :

  • on place l’individu dans un champ magnétique statique (1) très puissant, ce qui va imposer une orientation au spin des protons présents dans les molécules d’eau de ses tissus
  • on envoie ensuite des impulsions électromagnétiques (2) qui vont “déstabiliser” les protons, certains d’entre eux vont alors basculer comme des quilles et ne plus être alignés avec le champ statique
  • peu de temps après (de l’ordre de la seconde) cette impulsion les protons vont à nouveau aligner leur spin avec le champ statique (on parle de “relaxation”)
  • cette relaxation entraîne l’émission d’un photon (3), qui va être capté par l’antenne de l’IRM. Ce sont ces photons, émis par les protons lors de la relaxation, et captés par l’antenne de l’appareil, qui permettent de construire l’image.

Or, il existe deux aspects à cette relaxation, une composante longitudinale et une composante transversale, ces deux relaxations n’ayant pas lieu en même temps : les termes T1 et T2 font référence à ces deux temps de relaxation (T1 : relaxation longitudinale, T2 : relaxation transversale).

Si l’on règle le temps d’écho (le temps qui sépare le moment on envoie l’impulsion et le moment où on enregistre avec l’antenne) en le calant plutôt sur T1 ou T2, on obtiendra un signal qui correspondra plutôt à la relaxation longitudinale ou transversale.

On parle alors de “pondération T1” ou de “pondération T2” (on peut également régler l’appareil pour que le signal corresponde à la densité protonique, on parle de “pondération rhô”).

Nous venons donc de voir que T1 et T2 faisaient référence aux temps de relaxation, sur lesquels on va régler les temps d’écho de la machine, c’est à dire le délai séparant l’impulsion radiofréquence et le moment où l’on enregistre le signal avec l’antenne.

Nous allons à présent voir quel est l’impact de ce choix sur le type d’image obtenu.

 

Impact de la nature des tissus sur le signal capté

Pour faire simple, le temps de relaxation d’un proton ne sera pas le même selon qu’on se trouve dans un tissu riche en eau ou en lipides.

Ainsi ces temps seront beaucoup plus longs dans le liquide céphalo-rachidien, aqueux (de l’ordre de 1 à 2 secondes) que dans la substance blanche, lipidique (quelques dizaines ou centaines de millisecondes).

Lorsque l’on opte pour une pondération T1, les tissus riches en lipides apparaîtront ainsi très clairs, alors que les tissus riches en eau apparaîtront foncés.

Ce sera le contraire avec une pondération T2.

Images IRM obtenues avec différentes substances.

Ceci explique pourquoi la substance blanche, très riche en lipides (car constituée en grande partie de fibres et donc de membrane) apparaît claire en T1 et foncée en T2.

 

Intérêt de disposer de pondérations différentes

Il existe donc dans la banque AnaPeda des IRM obtenues en pondération T1 et d’autres en pondération T2. Souvent les deux types de pondération sont disponible dans un dossier.

On pourrait être tenté de n’utiliser que les pondérations T1, car elles correspondent davantage à l’idée que l’on se fait des “teintes” de ces tissus (substance blanche plus claire). Mais gardons en tête, et rappelons-le à nos élèves, que ces teintes n’ont rien à voir avec ce que la lumière visible nous renvoie lorsque l’on dissèque un cerveau. Aucun parallèle ne doit être fait entre les niveaux de gris observés à l’IRM et la teinte réelle des tissus, au contraire il faut insister sur le fait que l’image que l’élève a à l’écran n’est qu’une représentation, reconstruite par l’ordinateur à partir des données collectées par l’antenne de l’appareil, et non une “photographie”.

La pondération T2, si elle aboutit à des images qui peuvent “surprendre” par leur contraste “inversé”, a l’avantage de montrer avec un contraste plus important les lésions des tissus cérébraux, que ce soit un AVC ou une tumeur. Cette pondération est ainsi souvent utilisée en médecine, pour les détecter.

Le sujet 12223 est atteint d’une tumeur à l’origine d’un déficit moteur. Cette tumeur apparaît bien plus nettement en T2 (à droite) qu’en T1 (à gauche).

Enfin, discuter avec les élèves de ces deux types d’images permet d’aiguiser leur esprit critique, ainsi que la posture qu’ils peuvent avoir face aux “images” de ce type. Il est toujours bon de leur rappeler que même une IRM est un modèle, avec ses limites et son cadre.

 

Résumé en vidéo

 

 

 

 

Lien

Logiciel EduAnat2 en ligne 

Manipuler, mesurer et annoter des objets en 3 dimensions avec Mesurim2

par Philippe Cosentino

L’application Mesurim2 (qui succède à Mesurim) a pour objet de permettre aux élèves de réaliser diverses opérations sur des images.

Ainsi l’élève peut par exemple mesurer des longueurs de racines, la surface d’une feuille, l’angle facial d’un crâne, compter des drosophiles ou déterminer la proportion de verre dans une roche.

Depuis sa mise à jour de mai 2021, Mesurim2 permet désormais de réaliser les mêmes opérations sur des modèles en 3 dimensions, que ces derniers soient entièrement conçus de manière virtuelle (à l’aide d’un logiciel de modélisation 3D) ou scannés par photogrammétrie.

Aperçu de ce que l’on peut obtenir lors de l’affichage d’un modèle 3D dans Mesurim2.

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Lecture de la carte géologique de France au 1 / 1M, par Jean-Marc Lardeaux

Le 9 avril 2021, Jean-Marc Lardeaux, Professeur de géologie à l’université de Nice Sophia Antipolis, a donné une visioconférence dans le cadre d’une formation (PAF) à destination des enseignants de SVT de l’académie de Nice.

Vous trouverez dans cet article un fichier au format PDF rassemblant les diapositives utilisées durant la conférence, ainsi que l’enregistrement vidéo complet de celle-ci.


 

 

 

Télécharger le diaporama au format pdf

Aller sur la page de la vidéo sur Acamédia

Des données locales pour des activités de datation absolue

Vous trouverez dans cet article deux jeux de données, ainsi qu’une proposition d’exploitation sous forme d’activité à l’oral, pour exercer les élèves aux méthodes de datation absolue avec des exemples locaux.

Premièrement, quelques données de datation d’un granite varisque de l’Argentera avec la méthode Rb/Sr, avec un tableau excel associé qui permet de calculer facilement un âge absolu avec les élèves.

Télécharger : tableur datation absolue (06)

Deuxièmement, des données de datation avec la méthode K/Ar de roches volcaniques oligo-miocène du tunnel ferroviaire de Monaco.

Télécharger : diaporama Géologie locale – T-spé

 

Ces données, et les épisodes qu’elles représentent, sont replacés dans une chronologie des événements géologiques de la région, de l’orogène varisque jusqu’à l’ouverture de la mer ligure.

Les Olympiades Nationales de Biologie (ONB) dans l’Académie de Nice

Une première édition, dans l’Académie de Nice

Les Olympiades Nationales de Biologie sont l’occasion de valoriser l’enseignement de la biologie tout en renforçant pour l’élève, son intérêt pour la discipline tout comme sa culture scientifique. A partir de cette année 2021, une équipe de France sera présentée aux Olympiades Internationales de Biologie (OIB) à l’issue  d’une sélection de projets au sein des lycées, des Académies et au niveau national.

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Parcours Moodle clés en mains pour le dépôt de travaux.

Il n’est pas toujours simple de se choisir un outil, à la fois simple et complet, pour assurer la continuité pédagogique.

Si Moodle paraît parfois complexe au premier contact, il est toutefois très puissant et très personnalisable, donc adapté à ce genre de situations… Il permet aussi une grande collaboration, donc vous pourrez trouver ci-dessous un parcours Moodle clés en mains à déployer dans votre propre espace, à mettre à disposition des élèves en quelques clics.

Ce dernier vous permettra de collecter des copies numériques, de les corriger et de les remettre en masse aux élèves. Plus besoin de renvoyer 200 mails pour rendre une copie numérique !

Voilà une brève présentation de ce parcours :

 

Pour télécharger l’archive qui contient le parcours cliquez ici !

Modéliser le rôle joué par le moustique dans la transmission du paludisme

par Philippe Cosentino

 

Place dans le programme

En classe de seconde, les maladies vectorielles, c’est à dire pour lesquelles l’agent pathogène est transmis par un vecteur animal, font partie des notions explicitement attendues.

Extrait du B.O. :

Certaines maladies causées par des agents pathogènes sont transmises directement entre êtres humains ou par le biais d’animaux tels que les insectes (maladies vectorielles).

Nous proposons ici une activité de modélisation (utilisant le logiciel Edu’modèles) qui viendra compléter une séance consacrée à l’étude de la transmission du paludisme. Lire la suite

Présentation de Géné’pop, logiciel généraliste de génétique des populations

par Philippe Cosentino

 

Pour étudier l’évolution de la fréquence allélique, il existait déjà plusieurs logiciels, la plupart hébergés sur l’académie de Nice.

Cependant, chaque logiciel avait son domaine d’application. Les divers logiciels consacrés à la dérive génétique ne permettaient pas d’envisager les effets de la sélection naturelle, et inversement, ceux prenant en compte la valeur sélective des génotypes (“Evolution allélique” par exemple) reposaient sur des modèles dont l’effectif était forcément infini.

Avec Géné’pop il est enfin possible de faire varier dans le même modèle l’effectif (qui peut être fini ou infini), les valeurs sélectives et les probabilités de mutation. On peut ainsi voir les effets combinés de ces 3 forces évolutives (les mutations, la dérive et la sélection). Lire la suite

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